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- PDB-1qbz: THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE SIV GP41 ECTODOMAIN AT 1.47 A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qbz
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF THE SIV GP41 ECTODOMAIN AT 1.47 A
要素PROTEIN (SIV GP41 ECTODOMAIN)
キーワードENVELOPE GLYCOPROTEIN / SIV / HIV / GP41 / MEMBRANE FUSION / PEPTIDE INHIBITOR / SIV ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP41
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion involved in viral entry into host cell / host cell endosome membrane / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #210 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換, 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Yang, Z.-N. / Mueser, T.C. / Kaufman, J. / Stahl, S.J. / Wingfield, P.T. / Hyde, C.C.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: The crystal structure of the SIV gp41 ectodomain at 1.47 A resolution.
著者: Yang, Z.N. / Mueser, T.C. / Kaufman, J. / Stahl, S.J. / Wingfield, P.T. / Hyde, C.C.
履歴
登録1999年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: NDB
改定 1.01999年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32015年12月16日Group: Atomic model
改定 1.42023年8月2日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (SIV GP41 ECTODOMAIN)
B: PROTEIN (SIV GP41 ECTODOMAIN)
C: PROTEIN (SIV GP41 ECTODOMAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,03810
ポリマ－43,2943
非ポリマー7447
水4,738263
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11110 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area18020 Å2
手法PISA
2
A: PROTEIN (SIV GP41 ECTODOMAIN)
B: PROTEIN (SIV GP41 ECTODOMAIN)
C: PROTEIN (SIV GP41 ECTODOMAIN)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (SIV GP41 ECTODOMAIN)
B: PROTEIN (SIV GP41 ECTODOMAIN)
C: PROTEIN (SIV GP41 ECTODOMAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,07520
ポリマ－86,5886
非ポリマー1,48814
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area23490 Å2
ΔGint-305 kcal/mol
Surface area34900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.124, 47.206, 77.465
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.83, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-8002-

HG

21B-8052-

HOH

31C-8090-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 PROTEIN (SIV GP41 ECTODOMAIN)


分子量: 14431.267 Da / 分子数: 3 / 断片: SIV GP41 ECTODOMAIN 27-149 / 変異: C86A, C92A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus / 株: MAC239 / 細胞内の位置: VIRAL MEMBRANE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 431600, UniProt: E7CWP5*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.8 %
結晶化pH: 4.25
詳細: 14-25% MPD (2-METHYL-2,4- PENTANEDIOL) 140-220 MM NACL, 20-40 MM SODIUM ACETATE, pH 4.25
結晶化
*PLUS
pH: 3 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110-15 mg/mlprotein1drop
250 mMsodium formate1drop
314-25 %(v/v)MPD1reservoir
4140-220 mM1reservoirNaCl
520-40 mMsodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.97564
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97564 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→15 Å / Num. obs: 49553 / % possible obs: 89.9 % / Observed criterion σ(I): 0.5 / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 1.47→1.5 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 70.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 412245
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 78.7 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHAREPHASES DM AMORE位相決定
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASES位相決定
直接法位相決定
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換, 分子置換
開始モデル: POLY ALANINE MODEL (RESIDUES 46-74) OF MMLV TRANSMEMBRANE TRIMERIC CORE (1MOF)

1mof


解像度: 1.47→15 Å / Num. parameters: 28962 / Num. restraintsaints: 36906 / 交差検証法: FREE R / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: NO NCS RESTRAINS WERE APPLIED DURING REFINEMENT CAUTION SHOULD BE TAKEN IN INTERPRETING THOSE RESIDUES WITH EQUIVALENT ISOTROPIC B FACTORS HIGHER THAN 60S.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 2462 5 %THIN SHELL
all0.155 49533 --
obs0.152 -5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL. V. 91 (1973) 201-228
Refine analyzeNum. disordered residues: 37 / Occupancy sum hydrogen: 2609 / Occupancy sum non hydrogen: 3046
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.47→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2768 0 21 263 3052
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.021
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.104
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.097
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.017
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.003
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.048
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.076
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 15 Å / σ(I): 2 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor all: 0.16 / Rfactor Rwork: 0.152
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg0.03
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.267

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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