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- PDB-1qbm: FAB E8B ANTIBODY, X-RAY STRUCTURE AT 2.37 ANGSTROMS RESOLUTION -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qbm
タイトルFAB E8B ANTIBODY, X-RAY STRUCTURE AT 2.37 ANGSTROMS RESOLUTION
要素(E8B ANTIBODY) x 2
キーワードIMMUNOGLOBULIN / IGG1 KAPPA / ANTIBODY / FAB FRAGMENT / ANTI-CYTOCHROME C ANTIBODY
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / adaptive immune response
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Immunoglobulin kappa chain variable 12-41
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Mylvaganam, S.E. / Paterson, Y. / Getzoff, E.D.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Structural basis for the binding of an anti-cytochrome c antibody to its antigen: crystal structures of FabE8-cytochrome c complex to 1.8 A resolution and FabE8 to 2.26 A resolution.
著者: Mylvaganam, S.E. / Paterson, Y. / Getzoff, E.D.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Biochemical Implications from the Variable Gene Sequences of an Anti-Cytochrome C Antibody and Crystallographic Characterization of its Antigen-Binding Fragment in Free and Antigen-Complexed Forms
著者: Mylvaganam, S.E. / Paterson, Y. / Kaiser, K. / Bowdish, K. / Getzoff, E.D.
#2: ジャーナル: J.Immunol. / 年: 1985
タイトル: Monoclonal Antibodies to Horse Cytochrome C Expressing Four Distinct Idiotypes Distribute Among Two Sites on the Native Protein
著者: Carbone, F.R. / Paterson, Y.
履歴
登録1998年5月1日処理サイト: BNL
改定 1.01999年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: E8B ANTIBODY
H: E8B ANTIBODY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1602
ポリマ－47,1602
非ポリマー00
水2,288127
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3980 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area18670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.960, 85.010, 63.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 E8B ANTIBODY / FAB E8


分子量: 23655.057 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 詳細: E8 ANTIBODY PURIFIED FROM ASCITES / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: P3-X63-AG8.653 / 器官: SPLEEN / 株: BALB/C / 参照: GenBank: 2072141, UniProt: P01635*PLUS
#2: 抗体 E8B ANTIBODY / FAB E8


分子量: 23505.213 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 詳細: E8 ANTIBODY PURIFIED FROM ASCITES / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: P3-X63-AG8.653 / 器官: SPLEEN / 株: BALB/C / 参照: PIR: S49220
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化pH: 6.4 / 詳細: pH 6.4
結晶化
*PLUS
pH: 6.2 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.05 Msodium ammonium phosphate11
220 %(w/v)PEG400011

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.37 Å / Num. obs: 17924 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 45.2 Å2 / Rsym value: 0.146 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.37→2.47 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.44 / % possible all: 52.3
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.146
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 52.3 % / Rmerge(I) obs: 0.44

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XENGENデータ収集
XENGENデータ削減
X-PLOR3.8モデル構築
X-PLOR3.8精密化
XENGENデータスケーリング
X-PLOR3.8位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2.26 ANGSTROM RESOLUTION FAB E8A

解像度: 2.37→10 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 -10 %
Rwork0.194 --
obs0.194 15334 82.8 %
原子変位パラメータBiso mean: 36.6 Å2
Baniso -1Baniso -3Baniso -2
1--0.464 Å22.374 Å2-
2----2.748 Å2
3--2.749 Å2-
Refine analyze
ObsFree
Luzzati d res low20 Å-
Luzzati sigma a0.41 Å0.52 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.37→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3318 0 0 127 3445
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.37→2.48 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4955 -4.1 %
Rwork0.4094 894 -
obs--39.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1
X-RAY DIFFRACTION2PARHCSDXB.PROTOPHCSDX.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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