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- PDB-1qbb: BACTERIAL CHITOBIASE COMPLEXED WITH CHITOBIOSE (DINAG) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qbb
タイトルBACTERIAL CHITOBIASE COMPLEXED WITH CHITOBIOSE (DINAG)
要素CHITOBIASE
キーワードGLYCOSYL HYDROLASE / CHITOBIASE / CHITINOLYSIS / BA8-BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-N-acetylhexosaminidase / beta-N-acetylhexosaminidase activity / : / chitin catabolic process / polysaccharide binding / polysaccharide catabolic process / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Chitobiase/beta-hexosaminidases, N-terminal domain / Chitobiase C-terminal domain / Putative carbohydrate binding domain / Chitobiase/beta-hexosaminidase C-terminal domain / Putative carbohydrate binding domain / Immunoglobulin-like - #290 / Beta-hexosaminidase / Glycoside hydrolase family 20, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like ...Chitobiase/beta-hexosaminidases, N-terminal domain / Chitobiase C-terminal domain / Putative carbohydrate binding domain / Chitobiase/beta-hexosaminidase C-terminal domain / Putative carbohydrate binding domain / Immunoglobulin-like - #290 / Beta-hexosaminidase / Glycoside hydrolase family 20, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like / Chitobiase; domain 2 / Beta-hexosaminidase, bacterial type, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 20, domain 2 / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycosidases / Immunoglobulin E-set / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulins / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Serratia marcescens (霊菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Tews, I. / Perrakis, A. / Oppenheim, A. / Dauter, Z. / Wilson, K.S. / Vorgias, C.E.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: Bacterial chitobiase structure provides insight into catalytic mechanism and the basis of Tay-Sachs disease.
著者: Tews, I. / Perrakis, A. / Oppenheim, A. / Dauter, Z. / Wilson, K.S. / Vorgias, C.E.
#1: ジャーナル: Gene / 年: 1996
タイトル: N-Acetylglucosaminidase (Chitobiase) from Serratia Marcescens: Gene Sequence, and Protein Production and Purification in Escherichia Coli
著者: Tews, I. / Vincentelli, R. / Vorgias, C.E.
#3: ジャーナル: Mol.Gen.Genet. / 年: 1989
タイトル: Cloning of the Gene Coding for Chitobiase of Serratia Marcescens
著者: Kless, H. / Sitrit, Y. / Chet, I. / Oppenheim, A.B.
#4: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1978
タイトル: The Crystal Structure of a B-(1,4) Linked Disaccharide A-N,N'Diacetylchitobiose Monohydrate
著者: Mo, F. / Jensen, L.H.
#2: ジャーナル: Serratia Marcescens Chitobiase / 年: 1996
著者: Tews, I.
履歴
登録1996年6月7日処理サイト: BNL
改定 1.01997年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / diffrn_source / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_atom_id / _pdbx_validate_chiral.auth_comp_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月9日Group: Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHITOBIASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,7336
ポリマ－95,9241
非ポリマー8095
水12,611700
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)110.700, 99.900, 87.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 CHITOBIASE / N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE


分子量: 95923.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEXED WITH CHITOBIOSE (DINAG) / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌)
解説: PERIPLASMATIC TARGETING SEQUENCE RESIDUES 1 - 27 CLEAVED OFF DURING MATURATION
プラスミド: PEMBL18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): A5484 / 参照: UniProt: Q54468, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 700 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.4 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: CRYSTAL WERE GROWN AT ROOM TEMPERATURE FROM HANGING DROPS CONTAINING 62% SATURATED AMMONIUM SULFATE, 1.5% ISOPROPANOL AND 100 MM CACODYLATE, PH 5.6. DERIVATIZATION CONDITIONS: SOLID ...詳細: CRYSTAL WERE GROWN AT ROOM TEMPERATURE FROM HANGING DROPS CONTAINING 62% SATURATED AMMONIUM SULFATE, 1.5% ISOPROPANOL AND 100 MM CACODYLATE, PH 5.6. DERIVATIZATION CONDITIONS: SOLID CHITOBIOSE WAS ADDED TO THE MOTHER LIQUOR TO MAKE UP HIGH CONCENTRATED STOCK SOLUTION, 0.5 TO 1.0 MICRO LITERS OF THE STOCK SOLUTION WERE ADDED TO THE CRYSTALLISATION DROP CONTAINING CRYSTALS. THE CRYSTALS WERE MOUNTED IMMEDIATELY IN GLASS CAPILLARY. EXPOSURE TIME WAS LIMITED TO 10 MINUTES OR LESS. THESE CRYSTALS: 4 MINS 50 SECS. THE CHITOBIOSE WAS SUPPLIED BY SIGMA., vapor diffusion - hanging drop
Temp details: room temp
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
161.5 %ammonium salfate11
21.5 %isopropanol11
3100 mMcacodylate11

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 0.87
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年9月9日 / 詳細: SEGMENTED TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→15 Å / Num. obs: 66148 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 16.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.02→2.06 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.237 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 99.9
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.9 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
ARP/wARPモデル構築
PROLSQ精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QBA

1qba


解像度: 2→15 Å / 交差検証法: R-FREE / σ(F): -4
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 6509 10 %RANDOM
Rwork0.151 ---
obs0.148 66148 99.7 %-
all-66148 --
原子変位パラメータBiso mean: 14.3 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 4.5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6795 0 50 542 7387
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0220.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0280.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0350.03
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.22
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it33
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it53
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it7.44
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0240.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1330.1
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1790.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2640.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1630.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor4.86
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor17.720
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor26.430
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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