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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qao | ||||||
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タイトル | THE STRUCTURE OF THE RRNA METHYLTRANSFERASE ERMC': IMPLICATIONS FOR THE REACTION MECHANISM | ||||||
![]() | ERMC' METHYLTRANSFERASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / BINARY COMPLEX WITH S-ADENOSYLMETHIONINE | ||||||
機能・相同性 | ![]() 23S rRNA (adenine2085-N6)-dimethyltransferase / 23S rRNA (adenine(2085)-N(6))-dimethyltransferase activity / rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity / response to antibiotic / RNA binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Schluckebier, G. / Zhong, P. / Stewart, K.D. / Kavanaugh, T.J. / Abad-Zapatero, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The 2.2 A structure of the rRNA methyltransferase ErmC' and its complexes with cofactor and cofactor analogs: implications for the reaction mechanism. 著者: Schluckebier, G. / Zhong, P. / Stewart, K.D. / Kavanaugh, T.J. / Abad-Zapatero, C. #1: ![]() タイトル: Crystal structure of ErmC', an RNA methyltransferase which mediates antibiotic resistance in bacteria 著者: Bussiere, D.E. / Muchmore, S.W. / Dealwis, C.G. / Schluckebier, G. / Nienaber, V.L. / Edalji, R.P. / Walter, K.A. / Ladror, U.S. / Holzman, T.F. / Abad-Zapatero, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 60.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 44.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 441.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 445.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28955.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-SAM / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.67 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: PEG 8000, ammonium acetate, pH 7.8 at 298 K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年6月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 11313 / Num. obs: 11313 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 15.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.298 / Num. unique all: 1113 / % possible all: 96.6 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 36172 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.6 % / Mean I/σ(I) obs: 4.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.7→50 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | |||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 50 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.23 / Rfactor Rwork: 0.23 | |||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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