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- PDB-1qae: THE ACTIVE SITE OF SERRATIA ENDONUCLEASE CONTAINS A CONSERVED MAG... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qae
タイトルTHE ACTIVE SITE OF SERRATIA ENDONUCLEASE CONTAINS A CONSERVED MAGNESIUM-WATER CLUSTER
要素PROTEIN (EXTRACELLULAR ENDONUCLEASE)
キーワードENDONUCLEASE / NUCLEASE / DNASE / RNASE / SUGAR-NONSPECIFIC NUCLEASE / MAGNESIUM
機能・相同性
機能・相同性情報


Serratia marcescens nuclease / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / RNA endonuclease activity / nucleic acid binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA/RNA non-specific endonuclease, active site / DNA/RNA non-specific endonucleases active site. / Non-specific endonuclease / Extracellular Endonuclease; Chain A / Extracellular Endonuclease, subunit A / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease ...DNA/RNA non-specific endonuclease, active site / DNA/RNA non-specific endonucleases active site. / Non-specific endonuclease / Extracellular Endonuclease; Chain A / Extracellular Endonuclease, subunit A / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease superfamily / His-Me finger superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Serratia marcescens (霊菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Miller, M.D. / Krause, K.L.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: The active site of Serratia endonuclease contains a conserved magnesium-water cluster.
著者: Miller, M.D. / Cai, J. / Krause, K.L.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1996
タイトル: Identification of the Serratia Endonuclease Dimer: Structural Basis and Implications for Catalysis
著者: Miller, M.D. / Krause, K.L.
#2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1994
タイトル: 2.1 Angstroms Structure of Serratia Endonuclease Suggests a Mechanism for Binding to Double-Stranded DNA
著者: Miller, M.D. / Tanner, J. / Alpaugh, M. / Benedik, M.J. / Krause, K.L.
履歴
登録1999年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.52024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (EXTRACELLULAR ENDONUCLEASE)
B: PROTEIN (EXTRACELLULAR ENDONUCLEASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5264
ポリマ－53,4782
非ポリマー492
水4,522251
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)106.700, 74.500, 68.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.999819, -0.018722, -0.003478), (-0.018758, 0.999769, 0.010535), (0.00328, 0.010599, -0.999938)
ベクター: -1.0876, -0.5639, 103.2304)
詳細MTRIX THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG THE VARIOUS DOMAINS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. APPLIED TO TRANSFORMED TO MTRIX RESIDUES RESIDUES RMSD M1 A 5 .. A 245 B 5 .. B 245 0.131

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (EXTRACELLULAR ENDONUCLEASE)


分子量: 26738.896 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 株: SM6 / 細胞内の位置: EXTRACELLULAR
Plasmid details: PLASMID WHICH ENCODES THE GENE AND CARRIES AN OPERATOR CONSTITUTIVE MUTATION
プラスミド: PUC19NUC4OC / 遺伝子 (発現宿主): NUCA / 発現宿主: Serratia marcescens (霊菌) / 株 (発現宿主): PROTEASE DEFICIENT STRAIN / 参照: UniProt: P13717, Serratia marcescens nuclease
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細REFERENCE DATABASE: GENBANK ENTRY_NAME: SMANUCES

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: CRYSTALLIZATION METHOD: VAPOR DIFFUSION SITTING DROP CRYSTALLIZATION TEMPERATURE: 277 K CRYSTALLIZATION PH: 4.6 CRYSTALS WERE GROWN FROM PEG 3350, AMMONIUM SULFATE, SODIUM ACETATE, AND STORED ...詳細: CRYSTALLIZATION METHOD: VAPOR DIFFUSION SITTING DROP CRYSTALLIZATION TEMPERATURE: 277 K CRYSTALLIZATION PH: 4.6 CRYSTALS WERE GROWN FROM PEG 3350, AMMONIUM SULFATE, SODIUM ACETATE, AND STORED IN A STABILIZATION SOLUTION CONTAINING 20% PEG 3000, 400mM GLYCINE, 40mM TRIS, PH8.2 (293 K), 20% PEG 3000, 10% PEG 400. THIS SOLUTION WAS EXCHANGED THREE TIMES TO MINIMIZE CARRY OVER FROM THE STORAGE SOLUTION. AFTER 3 DAYS IN THE MAGNESIUM STABILIZATION SOLUTION, THE CRYSTAL OF DIMENSION 0.4 X 0.4 X 0.3 MM**2 WAS MOUNTED IN A SILICONIZED SPECIAL GLASS CAPILLARY. , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 4.6 / 手法: other
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 %(w/v)PEG335011
20.2 Mammonium sulfate11
30.1 Msodium acetate11

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データ収集

回折平均測定温度: 288 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1998年2月2日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→45 Å / Num. obs: 30574 / % possible obs: 84.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 6.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.025 / Net I/σ(I): 40.87
反射 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Mean I/σ(I) obs: 18.9 / % possible all: 20.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 93785

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MADNESSデータ収集
PROCORデータスケーリング
PROCORデータ削減
XSCALEデータスケーリング
ARP/wARPモデル構築
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
MADNESSデータ削減
X-PLOR3.851位相決定
精密化開始モデル: 1.4 ANGSTROM STRUCTURE OF THE SERRATIAL ENDONUCLEASE (CAI, MILLER AND KRAUSE) WITH WATER AND ALTERNATE SIDE CHAIN CONFORMERS REMOVED AND THE SIDE CHAINS FOR THE ACTIVE SITE RESIDUES ...開始モデル: 1.4 ANGSTROM STRUCTURE OF THE SERRATIAL ENDONUCLEASE (CAI, MILLER AND KRAUSE) WITH WATER AND ALTERNATE SIDE CHAIN CONFORMERS REMOVED AND THE SIDE CHAINS FOR THE ACTIVE SITE RESIDUES ARG 57, HIS 89, ASN 199 AND GLU 127 OMITTED

解像度: 2.05→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: BULK SOLVENT MODEL USED, NCS B-FACTORS RESTRAINTS WERE APPLIED TO PROTEIN ATOMS AND PAIRS OF WATER MOLECULES WHICH DEVIATED LESS THAN 1.0 ANGSTROMS FROM NCS. THE PROTEIN ATOMS ARE IN GROUP 1 ...詳細: BULK SOLVENT MODEL USED, NCS B-FACTORS RESTRAINTS WERE APPLIED TO PROTEIN ATOMS AND PAIRS OF WATER MOLECULES WHICH DEVIATED LESS THAN 1.0 ANGSTROMS FROM NCS. THE PROTEIN ATOMS ARE IN GROUP 1 AND THE WATER IS IN GROUP 2. WATER HOH 1 SITS ON THE NON-CRYSTALLOGRAPHIC 2-FOLD AXIS AND IT IS ITS OWN NCS MATE. THE WATER PAIRS IN GROUP 2 BEGIN WITH (HOH 2,HOH 3) AND END WITH (HOH 188, HOH 189). WATERS HOH 190 TO HOH 241 DO NOT HAVE NCS MATES WITHIN 1.0 ANGSTROMS. CRYST1 THERE IS STRONG PSEUDO-CENTERING ARISING FROM THE NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY. SHIFTING ONE MONOMER BY ONLY 1.4 ANGSTROMS WITH A 1 DEGREE ROTATION WOULD CHANGE THE SPACE GROUP TO I 2 2 2.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 1483 5.1 %RANDOM
Rwork0.167 ---
obs-29209 83 %-
原子変位パラメータBiso mean: 14.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.15 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3690 0 2 251 3943
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.61
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.121.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.832
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.322.25
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3.532.5
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDRefine-IDRms dev Biso (Å2)Weight Biso
11X-RAY DIFFRACTION0.7821
22X-RAY DIFFRACTION0.2750.3
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.21 122 4.3 %
Rwork0.192 2728 -
obs--49.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2TOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR(ONLINE) / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.167 / Rfactor Rfree: 0.21
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.61
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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