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万見
- PDB-1q89: Crystal structure of the C-domain of the T.vaginalis Inr binding ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q89
タイトルCrystal structure of the C-domain of the T.vaginalis Inr binding protein, IBP39 (cubic crystal form)
要素39 kDa initiator binding protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Inr / initator binding protein / core promoter
機能・相同性Initiator binding domain / Initiator binding protein 39kDa, C-terminal / IBP39, C-terminal domain superfamily / Transcription-initiator DNA-binding domain IBD / Initiator binding protein 39 kDa / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / metal ion binding / 39 kDa initiator binding protein
機能・相同性情報
生物種Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Schumacher, M.A. / Johnson, P.J.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2003
タイトル: Structural Basis of Core Promoter Recognition in a Primitive Eukaryote
著者: Schumacher, M.A. / Lau, A.O.T. / Johnson, P.J.
履歴
登録2003年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 39 kDa initiator binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7271
ポリマ－25,7271
非ポリマー00
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: 39 kDa initiator binding protein

A: 39 kDa initiator binding protein

A: 39 kDa initiator binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,1823
ポリマ－77,1823
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area4780 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area27360 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)108.750, 108.750, 108.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質 39 kDa initiator binding protein


分子量: 25727.221 Da / 分子数: 1 / 断片: C-domain, residues 127-341 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
プラスミド: PQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q95VR4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.92 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 5000, ammonium sulphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120-50 mg/mlprotein1drop
2200 mMammonium sulfate1reservoir
350 mMMES1reservoirpH6.5
425 %PEG50001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年12月10日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→76.5 Å / Num. obs: 6272 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 28.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074
反射 シェル解像度: 2.75→2.82 Å / % possible all: 89
反射
*PLUS
% possible obs: 94 % / Num. measured all: 35034
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.246 / Mean I/σ(I) obs: 2.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1Q88

1q88


解像度: 2.75→76.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 1178885.56 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 613 10.9 %RANDOM
Rwork0.197 ---
all0.22 ---
obs0.197 5628 98.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.2451 Å2 / ksol: 0.296272 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 54.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.58 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→76.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1568 0 0 6 1574
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 101 11.5 %
Rwork0.28 777 -
obs--94 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 76.5 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.198
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.19
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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