ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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CNS | 1 | 精密化 | MOSFLM | | データ削減 | CCP4 | (SCALA)データスケーリング | CNS | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.42→49.73 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1851385.44 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.232 | 1939 | 9.9 % | RANDOM |
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Rwork | 0.19 | - | - | - |
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all | 0.21 | - | - | - |
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obs | 0.19 | 17671 | 84.9 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.7036 Å2 / ksol: 0.343005 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 56.7 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 14.59 Å2 | 0 Å2 | -5.42 Å2 |
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2- | - | 2.31 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -16.91 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.36 Å | 0.29 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.5 Å | 0.45 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.42→49.73 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 3143 | 0 | 0 | 30 | 3173 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.009 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg2 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d22.9 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.93 | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.42→2.57 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.333 | 176 | 10.4 % |
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Rwork | 0.323 | 1518 | - |
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obs | - | - | 44.4 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | DNA-RNA_REP.PARAM | DNA-RNA.TOP | X-RAY DIFFRACTION | 3 | WATER_REP.PARAMWATER.TOPX-RAY DIFFRACTION | 4 | ION.PARAMION.TOP | | | | | |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 49.7 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.234 / Rfactor Rwork: 0.19 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg22.9 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.93 | | | | | |
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