ソフトウェア 名称 バージョン 分類 CNS1.1 精密化 CNS位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換 / 解像度 : 1.86→9.97 Å / Rfactor Rfree error : 0.003 / Data cutoff high absF : 368203.29 / Data cutoff low absF : 0 / Isotropic thermal model : RESTRAINED / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / 立体化学のターゲット値 : Engh & HuberRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.213 3953 10.1 % RANDOM Rwork 0.174 - - - obs 0.174 39261 74.7 % -
溶媒の処理 溶媒モデル : FLAT MODEL / Bsol : 67.4746 Å2 / ksol : 0.375601 e/Å3 原子変位パラメータ Biso mean : 24.2 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 1.46 Å2 1.12 Å2 0 Å2 2- - 1.46 Å2 0 Å2 3- - - -2.92 Å2
Refine analyze Free Obs Luzzati coordinate error 0.26 Å 0.21 Å Luzzati d res low - 5 Å Luzzati sigma a 0.41 Å 0.37 Å
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.86→9.97 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 3915 0 51 401 4367
拘束条件 大きな表を表示 (4 x 19) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target X-RAY DIFFRACTION c_bond_d0.006 X-RAY DIFFRACTION c_bond_d_naX-RAY DIFFRACTION c_bond_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg1.3 X-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_protX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d22.5 X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d0.79 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_mcbond_it1.16 1.5 X-RAY DIFFRACTION c_mcangle_it1.79 2 X-RAY DIFFRACTION c_scbond_it2.17 2 X-RAY DIFFRACTION c_scangle_it3.15 2.5
LS精密化 シェル 解像度 : 1.86→1.98 Å / Rfactor Rfree error : 0.019 / Total num. of bins used : 6 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.381 390 9.8 % Rwork 0.354 3600 - obs - - 46.3 %
Xplor file Refine-ID Serial no Param file Topol file X-RAY DIFFRACTION 1 PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION 2 WATER_REP.PARAMWATER.TOPX-RAY DIFFRACTION 3 PARAM1.CHOTOPH1.CHOX-RAY DIFFRACTION 4 ION.PARAMION.TOPX-RAY DIFFRACTION 5 CIS_PEPTIDE.PARAM
精密化 *PLUS
最低解像度 : 10 Å / Rfactor Rfree : 0.212 溶媒の処理 *PLUS
原子変位パラメータ *PLUS
拘束条件 *PLUS
Refine-ID タイプ Dev ideal X-RAY DIFFRACTION c_angle_deg1.29 X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_deg22.5 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_deg0.79
LS精密化 シェル *PLUS
最低解像度 : 1.93 Å / Rfactor Rfree : 0.4 / Rfactor Rwork : 0.374 / Num. reflection Rwork : 2199