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- PDB-1q5m: Binary complex of rabbit 20alpha-hydroxysteroid dehydrogenase wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q5m
タイトルBinary complex of rabbit 20alpha-hydroxysteroid dehydrogenase with NADPH
要素Prostaglandin-E2 9-reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / NADPH / HSD / hydroxysteroid dehydrogenase / aldo-keto reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin-E2 9-reductase / prostaglandin E2 9-reductase activity / 20alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / 17-alpha,20-alpha-dihydroxypregn-4-en-3-one dehydrogenase activity / androsterone dehydrogenase activity / ketosteroid monooxygenase activity / progesterone metabolic process / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / bile acid binding ...prostaglandin-E2 9-reductase / prostaglandin E2 9-reductase activity / 20alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / 17-alpha,20-alpha-dihydroxypregn-4-en-3-one dehydrogenase activity / androsterone dehydrogenase activity / ketosteroid monooxygenase activity / progesterone metabolic process / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / bile acid binding / prostaglandin biosynthetic process / aldose reductase (NADPH) activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aldo-keto reductase family 1 member C / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily ...Aldo-keto reductase family 1 member C / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / Prostaglandin-E(2) 9-reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.32 Å
データ登録者Couture, J.F. / Legrand, P. / Cantin, L. / Labrie, F. / Luu-The, V. / Breton, R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Loop Relaxation, A Mechanism that Explains the Reduced Specificity of Rabbit 20alpha-Hydroxysteroid Dehydrogenase, A Member of the Aldo-Keto Reductase Superfamily.
著者: Couture, J.F. / Legrand, P. / Cantin, L. / Labrie, F. / Luu-The, V. / Breton, R.
履歴
登録2003年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32018年2月14日Group: Advisory / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年2月14日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prostaglandin-E2 9-reductase
B: Prostaglandin-E2 9-reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8616
ポリマ－73,1782
非ポリマー1,6834
水13,205733
1
A: Prostaglandin-E2 9-reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4313
ポリマ－36,5891
非ポリマー8412
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Prostaglandin-E2 9-reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4313
ポリマ－36,5891
非ポリマー8412
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.540, 85.270, 66.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.48, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Prostaglandin-E2 9-reductase / 20-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / 20-alpha-HSD


分子量: 36589.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3(pLysS)
参照: UniProt: P80508, prostaglandin-E2 9-reductase, 20alpha-hydroxysteroid dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 733 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: LiSO4 and PEG 4K, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.32→57.74 Å / Num. obs: 141980 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 1.32→1.37 Å / % possible all: 69.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.9999精密化
XDSデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.32→57.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 1.642 / SU ML: 0.031 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.05 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1769 5499 3.8 %RANDOM
Rwork0.1481 ---
all0.3206 ---
obs0.14918 138538 96.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.928 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.32→57.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5156 0 106 733 5995
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0330.0225436
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024879
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.6071.9777374
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.427311436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0125642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg13.59215954
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1810.2799
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.025882
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021058
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.280.21264
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2080.25201
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0960.22995
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2650.2494
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0920.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1820.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2680.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2190.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8731.54104
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.07625229
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.61432584
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6624.52145
LS精密化 シェル解像度: 1.32→1.366 Å / Total num. of bins used: 15 /
Rfactor反射数
Rfree0.244 564
Rwork0.214 10717
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.29360.8526-0.44451.1872-0.50991.15570.03180.02140.07150.07460.01250.0932-0.08640.0592-0.0443-0.0542-0.00350.0307-0.04990.0003-0.066616.2630.00232.157
20.89860.39260.17880.82010.2740.6556-0.0249-0.0083-0.0346-0.0294-0.0035-0.02850.0054-0.05290.0283-0.0458-0.00850.0217-0.0291-0.0173-0.075542.0540.92-0.121
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 3231 - 322
2X-RAY DIFFRACTION1AC10011
3X-RAY DIFFRACTION1AE10031
4X-RAY DIFFRACTION1AG1004 - 13361 - 333
5X-RAY DIFFRACTION2BB2 - 3231 - 322
6X-RAY DIFFRACTION2BD10021
7X-RAY DIFFRACTION2BF10041
8X-RAY DIFFRACTION2BH1005 - 14041 - 400

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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