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- PDB-1q57: The Crystal Structure of the Bifunctional Primase-Helicase of Bac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q57
タイトルThe Crystal Structure of the Bifunctional Primase-Helicase of Bacteriophage T7
要素DNA primase/helicase
キーワードTRANSFERASE / primase / helicase / dNTPase / DNA replication
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA primase activity / viral DNA genome replication / DNA helicase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / single-stranded DNA binding / 5'-3' DNA helicase activity / DNA helicase / ATP hydrolysis activity / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
N-terminal domain of TfIIb - #180 / Bacteriophage T7 DNA helicase/primase / : / Bacteriophage T7 DNA helicase/primase, N-terminal a+b fold / Bacteriophage T7, Gp4, DNA primase/helicase, N-terminal / Zinc-binding domain of primase-helicase / Zinc-binding domain of primase-helicase / Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2 / Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2 - #10 / Twinkle-like protein ...N-terminal domain of TfIIb - #180 / Bacteriophage T7 DNA helicase/primase / : / Bacteriophage T7 DNA helicase/primase, N-terminal a+b fold / Bacteriophage T7, Gp4, DNA primase/helicase, N-terminal / Zinc-binding domain of primase-helicase / Zinc-binding domain of primase-helicase / Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2 / Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2 - #10 / Twinkle-like protein / Archaeal primase DnaG/twinkle-like, TOPRIM domain / Toprim-like / DnaB-like helicase C terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, C-terminal / Superfamily 4 helicase domain profile. / TOPRIM / N-terminal domain of TfIIb / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Single Sheet / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA helicase/primase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T7 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散, 多重同系置換 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Toth, E.A. / Li, Y. / Sawaya, M.R. / Cheng, Y. / Ellenberger, T.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2003
タイトル: The Crystal Structure of the Bifunctional Primase-Helicase of Bacteriophage T7
著者: Toth, E.A. / Li, Y. / Sawaya, M.R. / Cheng, Y. / Ellenberger, T.
履歴
登録2003年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 7 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 7 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). THE AUTHORS STATE THAT THE HEPTAMER IS THE BIOLOGICAL UNIT, ALTHOUGH THE ENZYME IS NORMALLY A HEXAMER. THE AUTHORS DO NOT KNOW WHAT THE EXACT ROLE OF THE HEPTAMER IS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA primase/helicase
B: DNA primase/helicase
C: DNA primase/helicase
D: DNA primase/helicase
E: DNA primase/helicase
F: DNA primase/helicase
G: DNA primase/helicase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)390,9997
ポリマ－390,9997
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23190 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area144060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.179, 171.567, 118.581
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.86, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81A
91B
101C
111D
121E
131F
141G
12A
22B
32C
42D
52E
62F
72G
13A
23B
33C
43D
53E
63F
73G

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111METMETTRPTRP1AA64 - 2551 - 192
211METMETTRPTRP1BB64 - 2551 - 192
311METMETTRPTRP1CC64 - 2551 - 192
411METMETTRPTRP1DD64 - 2551 - 192
511METMETTRPTRP1EE64 - 2551 - 192
611METMETTRPTRP1FF64 - 2551 - 192
711METMETTRPTRP1GG64 - 2551 - 192
821ASNASNILEILE4AA256 - 261193 - 198
921ASNASNILEILE4BB256 - 261193 - 198
1021ASNASNILEILE4CC256 - 261193 - 198
1121ASNASNILEILE4DD256 - 261193 - 198
1221ASNASNILEILE4EE256 - 261193 - 198
1321ASNASNILEILE4FF256 - 261193 - 198
1421ASNASNILEILE4GG256 - 261193 - 198
112PROPROGLUGLU1AA262 - 283199 - 220
212PROPROGLUGLU1BB262 - 283199 - 220
312PROPROGLUGLU1CC262 - 283199 - 220
412PROPROGLUGLU1DD262 - 283199 - 220
512PROPROGLUGLU1EE262 - 283199 - 220
612PROPROGLUGLU1FF262 - 283199 - 220
712PROPROGLUGLU1GG262 - 283199 - 220
113SERSERGLYGLY1AA284 - 549221 - 486
213SERSERGLYGLY1BB284 - 549221 - 486
313SERSERGLYGLY1CC284 - 549221 - 486
413SERSERGLYGLY1DD284 - 549221 - 486
513SERSERGLYGLY1EE284 - 549221 - 486
613SERSERGLYGLY1FF284 - 549221 - 486
713SERSERGLYGLY1GG284 - 549221 - 486

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
詳細heptamer, a full heptamer is contained in the asymmetric unit

-
要素

#1: タンパク質
DNA primase/helicase


分子量: 55856.965 Da / 分子数: 7 / 変異: G317V, K318M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T7 (ファージ)
属: T7-like viruses / 遺伝子: 4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P03692, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.04 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: MES, sodium citrate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
20.1 MMES1reservoirpH6.0
30.81-0.855 Msodium citrate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月8日
放射モノクロメーター: Si(111) or (220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.45→116.8 Å / Num. all: 60625 / Num. obs: 60625 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 29.1
反射 シェル解像度: 3.45→3.57 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.506 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.044
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.506

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.80精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散, 多重同系置換
解像度: 3.45→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.896 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 40.915 / SU ML: 0.63 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.775 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32597 3055 5.1 %RANDOM
Rwork0.29943 ---
all0.30077 57224 --
obs0.30077 57224 99.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 138.412 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.29 Å20 Å2-2.38 Å2
2--5.42 Å20 Å2
3----4.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.45→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26208 0 0 0 26208
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.02126648
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8981.9535874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.73153367
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.23934
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0219988
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2760.211159
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4340.2126
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1502tight positional0.540.05
12B1502tight positional0.160.05
13C1502tight positional0.10.05
14D1502tight positional0.10.05
15E1502tight positional0.10.05
16F1502tight positional0.150.05
17G1502tight positional0.140.05
21A173tight positional0.090.05
22B173tight positional0.210.05
23C173tight positional0.080.05
24D173tight positional0.090.05
25E173tight positional0.110.05
26F173tight positional0.090.05
27G173tight positional0.290.05
31A2023tight positional0.120.05
32B2023tight positional0.10.05
33C2023tight positional0.210.05
34D2023tight positional0.080.05
35E2023tight positional0.120.05
36F2023tight positional0.10.05
37G2023tight positional0.080.05
11A46medium positional1.070.5
12B46medium positional1.110.5
13C46medium positional1.150.5
14D46medium positional1.230.5
15E46medium positional0.720.5
16F46medium positional0.750.5
17G46medium positional1.130.5
LS精密化 シェル解像度: 3.45→3.537 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.362 210
Rwork0.364 3988
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3669-0.2240.353611.35590.82724.77930.39920.43670.0286-0.2410.0777-0.09740.34490.2036-0.47690.78230.0956-0.13541.0088-0.33710.940990.016610.060827.5404
23.5837-4.89832.94985.3135-2.52765.03-0.1901-0.72260.4080.62510.64550.05580.35-0.3927-0.45540.6693-0.1140.01191.2177-0.12620.710560.907159.90770.534
34.4723-0.0503-1.60179.57590.29552.90140.08820.3928-0.24151.2943-0.51960.85580.4777-0.3160.43141.3259-0.19520.26521.206-0.38551.33251.76719.500851.5868
43.6963-0.2362-0.48695.8141-1.37186.4694-0.18990.86130.43460.07410.07830.593-0.2567-0.4730.11160.6230.0994-0.01761.0602-0.10930.896477.202454.554629.6673
53.4633-0.7378-0.853213.258-0.01775.28550.29420.2131-0.0505-0.2652-0.3484-0.63610.00750.30040.05420.94570.0732-0.24640.39610.33260.905669.943819.618-17.3915
67.0288-0.96990.36414.49560.54353.3145-0.0127-0.7546-0.27470.45920.35710.25370.6757-0.2147-0.34440.9386-0.0844-0.04890.71720.2420.527.368969.2044-4.0084
77.47083.33472.997910.67251.11228.54980.4477-0.0961-0.48070.9982-0.548-0.25580.4246-0.61730.10030.9778-0.23250.09210.2117-0.0880.28974.558139.1394-29.8798
86.272-0.3173-5.2083.00732.07357.2874-0.104-0.7593-0.0172-0.09280.3893-0.7646-0.35780.7316-0.28530.5576-0.2024-0.00650.84920.38130.86262.365370.066818.0725
91.95853.06353.396812.92989.85468.33830.5367-0.2762-0.5688-0.5695-0.1392-0.30950.2372-0.7493-0.39741.71280.02740.33871.6249-0.42521.4954-10.693631.5187-1.9553
101.98651.00422.2182.9193-0.54328.59080.25660.3486-0.35840.19830.049-0.9930.46090.2885-0.30560.7671-0.1514-0.22320.78660.15871.12684.044264.707553.0269
115.24451.64720.55659.69322.03077.27010.64940.1094-0.2290.9844-0.1014-0.94690.57620.3724-0.5480.84080.0193-0.25660.6998-0.23810.8879-13.59621.677752.3275
1210.65790.86134.57892.1187-0.60542.10080.28342.36770.323-1.28050.14920.46560.72891.5238-0.43260.86640.4345-0.07411.11440.01420.483231.790756.61871.4701
131.06021.7882-0.83224.70230.91240.5058-0.0237-0.2091-1.07380.7217-0.4789-0.36870.49920.02380.50261.7249-0.1093-0.35181.3768-0.1731.629113.283614.750375.0816
148.8073-0.3966-2.71753.5048-0.64974.0831-0.0120.07110.70570.26520.28140.7147-0.3652-0.8685-0.26940.8070.13390.24660.8573-0.19070.604164.45250.702460.5548
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA64 - 2611 - 198
2X-RAY DIFFRACTION2AA262 - 549199 - 486
3X-RAY DIFFRACTION3BB64 - 2611 - 198
4X-RAY DIFFRACTION4BB262 - 549199 - 486
5X-RAY DIFFRACTION5CC64 - 2611 - 198
6X-RAY DIFFRACTION6CC262 - 549199 - 486
7X-RAY DIFFRACTION7DD64 - 2611 - 198
8X-RAY DIFFRACTION8DD262 - 549199 - 486
9X-RAY DIFFRACTION9EE64 - 2611 - 198
10X-RAY DIFFRACTION10EE262 - 549199 - 486
11X-RAY DIFFRACTION11FF64 - 2611 - 198
12X-RAY DIFFRACTION12FF262 - 549199 - 486
13X-RAY DIFFRACTION13GG64 - 2611 - 198
14X-RAY DIFFRACTION14GG262 - 549199 - 486
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.326 / Rfactor Rwork: 0.299
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.898

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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