PDB-1q1p: E-Cadherin activation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1q1p

タイトル

E-Cadherin activation

要素

Epithelial-cadherin

キーワード

CELL ADHESION

機能・相同性

機能・相同性情報

uterine epithelium development / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis / salivary gland cavitation / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / Adherens junctions interactions / RHO GTPases activate IQGAPs / Degradation of the extracellular matrix / Integrin cell surface interactions / lateral loop ...uterine epithelium development / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis / salivary gland cavitation / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / Adherens junctions interactions / RHO GTPases activate IQGAPs / Degradation of the extracellular matrix / Integrin cell surface interactions / lateral loop / positive regulation of cell-cell adhesion / desmosome / protein metabolic process / negative regulation of axon extension / regulation of protein localization to cell surface / cell-cell adhesion mediated by cadherin / trophectodermal cell differentiation / regulation of neuron migration / epithelial cell morphogenesis / alpha-catenin binding / bicellular tight junction assembly / Schmidt-Lanterman incisure / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / flotillin complex / intestinal epithelial cell development / node of Ranvier / catenin complex / cell-cell junction assembly / adherens junction organization / negative regulation of protein processing / apical junction complex / cochlea development / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / microvillus / decidualization / establishment of skin barrier / negative regulation of protein localization to plasma membrane / canonical Wnt signaling pathway / axon terminus / synapse assembly / cytoskeletal protein binding / embryo implantation / protein tyrosine kinase binding / protein localization to plasma membrane / cell periphery / cellular response to amino acid stimulus / adherens junction / sensory perception of sound / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell morphogenesis / beta-catenin binding / cell-cell adhesion / negative regulation of epithelial cell proliferation / cell-cell junction / cell migration / apical part of cell / regulation of protein localization / actin cytoskeleton organization / regulation of gene expression / basolateral plasma membrane / protein phosphatase binding / in utero embryonic development / postsynapse / molecular adaptor activity / endosome / cadherin binding / protein domain specific binding / axon / glutamatergic synapse / calcium ion binding / Golgi apparatus / cell surface / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Haussinger, D. / Stetefeld, J.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2004
タイトル: Proteolytic E-cadherin activation followed by solution NMR and X-ray crystallography.
著者: Haussinger, D. / Ahrens, T. / Aberle, T. / Engel, J. / Stetefeld, J. / Grzesiek, S.

履歴

登録	2003年7月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2012年3月21日	Group: Derived calculations
改定 1.4	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1q1p.cif.gz	63.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1q1p.ent.gz	44.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1q1p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1q1p_validation.pdf.gz	367 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1q1p_full_validation.pdf.gz	390.3 KB	表示
XML形式データ	1q1p_validation.xml.gz	9.3 KB	表示
CIF形式データ	1q1p_validation.cif.gz	14 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/1q1p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/1q1p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ff5S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3lne-d 2qvi-d 4zmo-d 2a4e-d 2ixq-d 3lnf-1 4bq9-1 6ulm-2 4zmn-d 4zmp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (20)

登録構造単位

A: Epithelial-cadherin

ヘテロ分子

23.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Epithelial-cadherin

ヘテロ分子

A: Epithelial-cadherin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
46.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	129.204, 48.601, 58.669
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.93, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Epithelial-cadherin / E-cadherin / Uvomorulin / Cadherin-1 / ARC-1 分子量: 23145.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: CDH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09803
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.16 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-21 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年12月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.18→37.47 Å / Num. all: 5632 / Num. obs: 5324 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / R_sym value: 0.131 / Net I/σ(I): 8.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1FF5.pdb

1ff5

解像度: 3.2→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.85 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.774 / SU B: 32.728 / SU ML: 0.59 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.625 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.30484	256	4.6 %	RANDOM
R_work	0.25867	-	-	-
obs	0.26155	5324	100 %	-
all	-	5632	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.85 Å²	0 Å²	-2.22 Å²
2-	-	-2.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1628	0	3	233	1864

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	1659
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	1480
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.877	1.954	2264
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.514	3	3469
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.775	3	211
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.4	15	291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.158	0.2	266
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1854
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	294
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.332	0.3	540
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.301	0.3	1904
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.285	0.5	168
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.221	0.5	11
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.279	0.5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.248	0.3	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.333	0.3	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.496	0.5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other	0.178	0.5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.134	1.5	1060
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.002	2	1735
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.694	3	599
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.501	4.5	529
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.2→3.281 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.376	21
R_work	0.298	388

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -1.3919 Å / Origin y: 0.6416 Å / Origin z: 26.0387 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0421 Å²	0.0315 Å²	-0.0525 Å²	-	0.1243 Å²	-0.0127 Å²	-	-	0.0725 Å²
L	0.2895 °²	0.6424 °²	0.7992 °²	-	0.7144 °²	0.7913 °²	-	-	1.2331 °²
S	-0.1488 Å °	0.1687 Å °	0.0951 Å °	-0.1267 Å °	-0.0082 Å °	0.0784 Å °	-0.1232 Å °	0.1076 Å °	0.157 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 11	1 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	12 - 19	11 - 18
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	20 - 26	19 - 25
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	35 - 98	34 - 97
5	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	99 - 107	98 - 106
6	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	108 - 213	107 - 212

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関連情報:EMDBヘッダ

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