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- PDB-1q0z: Crystal structure of aclacinomycin methylesterase (RdmC) with bou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q0z
タイトルCrystal structure of aclacinomycin methylesterase (RdmC) with bound product analogue, 10-decarboxymethylaclacinomycin A (DcmA)
要素aclacinomycin methylesterase
キーワードHYDROLASE / Anthracycline / methylesterase / polyketide / Streptomyces / tailoring enzyme / Structural Proteomics in Europe / SPINE / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


aclacinomycin methylesterase / aclacinomycin T methylesterase activity / antibiotic biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
: / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
10-DECARBOXYMETHYLACLACINOMYCIN A (DCMAA) / Aclacinomycin methylesterase RdmC
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces purpurascens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Jansson, A. / Niemi, J. / Mantsala, P. / Schneider, G. / Structural Proteomics in Europe (SPINE)
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of aclacinomycin methylesterase with bound product analogues: implications for anthracycline recognition and mechanism.
著者: Jansson, A. / Niemi, J. / Mantsala, P. / Schneider, G.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of aclacinomycin-10-methyl esterase and aclacinomycin-10-hydroxylase from Streptomyces purpurascens
著者: Jansson, A. / Niemi, J. / Mantsala, P. / Schneider, G.
履歴
登録2003年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42023年8月16日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: aclacinomycin methylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9174
ポリマ－31,8291
非ポリマー1,0883
水4,594255
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.106, 84.875, 44.389
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.99, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 aclacinomycin methylesterase / RdmC


分子量: 31828.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces purpurascens (バクテリア)
遺伝子: rdmc / プラスミド: pRDM*12 / 生物種 (発現宿主): Streptomyces lividans / 発現宿主: Streptomyces lividans TK24 (バクテリア) / 株 (発現宿主): TK24 / 参照: UniProt: Q54528
#2: 化合物 ChemComp-AKA / 10-DECARBOXYMETHYLACLACINOMYCIN A (DCMAA) / 10-{4-DIMETHYLAMINO-5-[4-HYDROXY-6-METHYL-5-(6-METHYL-5-OXO-TETRAHYDRO-PYRAN-2-YLOXY)-TETRAHYDRO-PYRANE-2-YLOXY]-6-METH YL-TETRAHYDRO-PYRAN-2-YLOXY}-8-ETHYL-1,8,11-TRIHYDROXY-7,8,9,10-TETRAHYDRO-NAPHTHACENE-5,12-DIONE


分子量: 753.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H51NO13
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.58 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: Ammonium sulphate, PEG400, Hepes buffer, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
11.2 mMAcmA1drop
210 mg/mlprotein1drop
350 mMTris-HCl1drop
41 mMdithiothreitol1drop
5ammonium sulfate1reservoirpH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.811 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.811 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→26.31 Å / Num. all: 19636 / Num. obs: 19636 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rsym value: 0.413 / % possible all: 99.5
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 95945 / Rmerge(I) obs: 0.106
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.5 % / Rmerge(I) obs: 0.413

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
REFMAC5精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: PDB code 1Q0R, another RdmC+substrate complex

1q0r


解像度: 1.95→26.31 Å
Isotropic thermal model: Individual isotropic B-factors for each atom
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Maximum likelihood / 詳細: Riding hydrogens
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.185 1538 Random
Rwork0.157 --
all0.159 19234 -
obs0.159 19234 -
原子変位パラメータBiso mean: 18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→26.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2243 0 75 255 2573
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.294
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.05 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.21 101
Rwork0.19 -
obs-1264
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 8 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.294

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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