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万見
- PDB-1pzr: Structure of fused docking domains from the erythromycin polyketi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pzr
タイトルStructure of fused docking domains from the erythromycin polyketide synthase (DEBS), a model for the interaction between DEBS2 and DEBS3: the B domain
要素Erythronolide synthase
キーワードTRANSFERASE / FOUR HELIX BUNDLE / HOMODIMER
機能・相同性
機能・相同性情報


erythronolide synthase activity / 6-deoxyerythronolide-B synthase / macrolide biosynthetic process / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Histone, subunit A / Histone, subunit A - #10 / Erythronolide synthase, docking / Erythronolide synthase, docking domain superfamily / Erythronolide synthase, docking / : / Polyketide synthase, docking domain superfmaily / Polyketide synthase extender module SpnB, Rossmann fold domain / Polyketide synthase, thioesterase domain / Thioesterase ...Histone, subunit A / Histone, subunit A - #10 / Erythronolide synthase, docking / Erythronolide synthase, docking domain superfamily / Erythronolide synthase, docking / : / Polyketide synthase, docking domain superfmaily / Polyketide synthase extender module SpnB, Rossmann fold domain / Polyketide synthase, thioesterase domain / Thioesterase / Polyketide synthase, docking domain / Erythronolide synthase docking domain / Zinc-binding dehydrogenase / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain / PKS_PP_betabranch / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / GroES-like superfamily / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Helix non-globular / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Special / Alpha/Beta hydrolase fold / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Erythronolide synthase EryA2 / Erythronolide synthase EryA3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharopolyspora erythraea (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Broadhurst, R.W. / Nietlispach, D. / Wheatcroft, M.P. / Leadlay, P.F. / Weissman, K.J.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2003
タイトル: The structure of docking domains in modular polyketide synthases.
著者: Broadhurst, R.W. / Nietlispach, D. / Wheatcroft, M.P. / Leadlay, P.F. / Weissman, K.J.
履歴
登録2003年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 999SEQUENCE LEU 81 and MET 82 form a linker between the C-terminal fragment of DEBS2 and the N- ...SEQUENCE LEU 81 and MET 82 form a linker between the C-terminal fragment of DEBS2 and the N-terminal fragment of DEBS3

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Erythronolide synthase
B: Erythronolide synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6852
ポリマ－13,6852
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)7 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Erythronolide synthase / ORF 2 / 6-deoxyerythronolide B synthase II / DEBS 2/ORF 3 / 6-deoxyerythronolide B synthase III / DEBS 3


分子量: 6842.579 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 61-120 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: C-terminal fragment of DEBS2 fused to N-terminal fragment of DEBS3
由来: (組換発現) Saccharopolyspora erythraea (バクテリア)
遺伝子: ERYA / プラスミド: pGEX4T-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CODONPLUS
参照: UniProt: Q03132, UniProt: Q03133, 6-deoxyerythronolide-B synthase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY
2323D 13C 15N X-filtered 13C-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy. Intermolecular contacts were obtained from an X-filtered NOESY experiment on a mixed-labeled sample.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM DOCK23 U-15N,13C: 100mM phosphate buffer NA: trace amounts of sodium azide, AEBSF protease inhibitor cocktail and TSP 1H shift reference: 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
21mM DOCK23 (50% U-15N,13C: 50% unlabeled): 100mM phosphate buffer NA: trace amounts of sodium azide, AEBSF protease inhibitor cocktail and TSP 1H shift reference: 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 100mM phosphate buffer NA / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DRXBrukerDRX8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Azara1Boucher解析
ANSIG3.3Kraulisデータ解析
CNS1Brunger構造決定
CNS1Brunger精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 1754 restraints: 1618 NOE-derived distance restraints, 78 dihedral angle restraints, 58 distance restraints from hydrogen bonds.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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