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万見
- PDB-1pz2: Crystal structure of a transient covalent reaction intermediate o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pz2
タイトルCrystal structure of a transient covalent reaction intermediate of a family 51 alpha-L-arabinofuranosidase
要素Alpha-L-arabinofuranosidase
キーワードHYDROLASE / beta-alpha8-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


arabinan catabolic process / L-arabinose metabolic process / non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase / alpha-L-arabinofuranosidase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha-L-arabinofuranosidase, C-terminal / Alpha-L-arabinofuranosidase C-terminal domain / Alpha-L-arabinofuranosidase C-terminus / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like ...Alpha-L-arabinofuranosidase, C-terminal / Alpha-L-arabinofuranosidase C-terminal domain / Alpha-L-arabinofuranosidase C-terminus / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-L-arabinofuranose / Intracellular exo-alpha-(1->5)-L-arabinofuranosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hoevel, K. / Shallom, D. / Niefind, K. / Belakhov, V. / Shoham, G. / Baasov, T. / Shoham, Y. / Schomburg, D.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure and snapshots along the reaction pathway of a family 51 alpha-L-arabinofuranosidase
著者: Hoevel, K. / Shallom, D. / Niefind, K. / Belakhov, V. / Shoham, G. / Baasov, T. / Shoham, Y. / Schomburg, D.
履歴
登録2003年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_validate_chiral.auth_atom_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-L-arabinofuranosidase
B: Alpha-L-arabinofuranosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,7544
ポリマ－114,4542
非ポリマー3002
水13,818767
1
A: Alpha-L-arabinofuranosidase
B: Alpha-L-arabinofuranosidase
ヘテロ分子

A: Alpha-L-arabinofuranosidase
B: Alpha-L-arabinofuranosidase
ヘテロ分子

A: Alpha-L-arabinofuranosidase
B: Alpha-L-arabinofuranosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)344,26212
ポリマ－343,3616
非ポリマー9016
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)179.430, 179.430, 100.231
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis

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要素

#1: タンパク質 Alpha-L-arabinofuranosidase / Arabinosidase


分子量: 57226.863 Da / 分子数: 2 / 変異: E175A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
株: T-6 / 遺伝子: ABFA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9XBQ3, non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase
#2: 糖 ChemComp-AHR / alpha-L-arabinofuranose / alpha-L-arabinose / L-arabinose / arabinose / α-L-アラビノフラノ-ス


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
LArafaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-arabinofuranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-ArafIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
AraSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 767 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 18 % PEG 3350, 0.2 M NH4F, 100 mM Tris/HCl, 5% 2-Propanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
123 %(w/v)PEG33501reservoir
20.2 M1reservoirNH4F
35 %(v/v)2-propanol1reservoir
40.1 MTris-HCl1reservoirpH8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年11月19日
放射モノクロメーター: osmic mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. all: 169221 / Num. obs: 157884 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 96.2
反射
*PLUS
Num. obs: 75814 / Rmerge(I) obs: 0.062
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.2 % / Rmerge(I) obs: 0.375 / Mean I/σ(I) obs: 1.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 3790 -RANDOM
Rwork0.169 ---
all-169221 --
obs-157884 93.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7972 0 18 767 8757
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1667

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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