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万見
- PDB-1pyb: Crystal Structure of Aquifex aeolicus Trbp111: a Structure-Specif... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pyb
タイトルCrystal Structure of Aquifex aeolicus Trbp111: a Structure-Specific tRNA Binding Protein
要素tRNA-binding protein Trbp111
キーワードRNA BINDING PROTEIN / oligonucleotide / oligosaccharide-binding fold / OB-fold / beta-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine-tRNA ligase activity / methionyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / Methionyl-tRNA synthetase, beta subunit, C-terminal / tRNA-binding domain / Putative tRNA binding domain / tRNA-binding domain profile. / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Methionyl-tRNA synthetase beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Swairjo, M.A. / Morales, A.J. / Wang, C.C. / Ortiz, A.R. / Schimmel, P.
引用
ジャーナル: Embo J. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of trbp111: a structure-specific tRNA-binding protein.
著者: Swairjo, M.A. / Morales, A.J. / Wang, C.C. / Ortiz, A.R. / Schimmel, P.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1999
タイトル: Structure-Specific tRNA-Binding Protein From the Extreme Thermophile Aquifex aeolicus
著者: Morales, A.J. / Swairjo, M.A. / Schimmel, P.
履歴
登録2003年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年2月1日Group: Structure summary
改定 1.42019年5月1日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: entity / struct_biol / Item: _entity.pdbx_description
改定 1.52020年9月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.62023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA-binding protein Trbp111
B: tRNA-binding protein Trbp111
C: tRNA-binding protein Trbp111
D: tRNA-binding protein Trbp111


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4494
ポリマ－48,4494
非ポリマー00
水3,135174
1
A: tRNA-binding protein Trbp111
B: tRNA-binding protein Trbp111


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2242
ポリマ－24,2242
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2890 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area12350 Å2
手法PISA
2
C: tRNA-binding protein Trbp111
D: tRNA-binding protein Trbp111


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2242
ポリマ－24,2242
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2920 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area12100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.400, 72.790, 68.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.93, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological unit is the homodimer. There are two homodimers in the asymmetric unit. dimer1: chains A & B, dimer2: chains C & D

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要素

#1: タンパク質
tRNA-binding protein Trbp111


分子量: 12112.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: metG / プラスミド: pTSMg32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1 / 参照: UniProt: O66738
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.3 %
結晶化温度: 290.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: PEG2000, ammonium sulfate, imidazole, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K
結晶化
*PLUS
温度: 17 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
130 %PEG20001drop
20.24 Mammonium sulfate1drop
30.1 Mimidazole1droppH7.2
424 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年8月3日
放射モノクロメーター: cylidrically bent single crystals Si(111) with horizontal focus
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 26611 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.398 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 1244 / Rsym value: 0.361 / % possible all: 88.4
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.042
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88.4 % / Rmerge(I) obs: 0.361

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1PXF

1pxf
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.5→20 Å / Isotropic thermal model: overall, then group / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 1173 -random
Rwork0.208 ---
all0.209 23144 --
obs0.226 23144 84 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3256 0 0 174 3430
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.5-2.610.2281300.246X-RAY DIFFRACTION259496
2.61-2.750.24321280.246X-RAY DIFFRACTION269996
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. reflection obs: 23601 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.22 / Rfactor Rwork: 0.189
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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