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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pxh | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of protein tyrosine phosphatase 1B with potent and selective bidentate inhibitor compound 2 | |||||||||
要素 | Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type 1 | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / Protein tyrosine phosphatase / PTP1B / Phosphatase inhibitor | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 PTK6 Down-Regulation / regulation of hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of receptor catabolic process / peptidyl-tyrosine dephosphorylation involved in inactivation of protein kinase activity / insulin receptor recycling / negative regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of PERK-mediated unfolded protein response / IRE1-mediated unfolded protein response / regulation of intracellular protein transport / cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane ...PTK6 Down-Regulation / regulation of hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of receptor catabolic process / peptidyl-tyrosine dephosphorylation involved in inactivation of protein kinase activity / insulin receptor recycling / negative regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of PERK-mediated unfolded protein response / IRE1-mediated unfolded protein response / regulation of intracellular protein transport / cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane / sorting endosome / mitochondrial crista / platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / regulation of endocytosis / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / Regulation of IFNA/IFNB signaling / regulation of signal transduction / cellular response to unfolded protein / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of signal transduction / Regulation of IFNG signaling / Growth hormone receptor signaling / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / negative regulation of MAP kinase activity / endoplasmic reticulum unfolded protein response / positive regulation of JUN kinase activity / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / Insulin receptor recycling / ephrin receptor binding / protein dephosphorylation / Integrin signaling / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / protein phosphatase 2A binding / endosome lumen / insulin receptor binding / Negative regulation of MET activity / receptor tyrosine kinase binding / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / insulin receptor signaling pathway / actin cytoskeleton organization / early endosome / mitochondrial matrix / cadherin binding / protein kinase binding / enzyme binding / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | |||||||||
データ登録者 | Sun, J.P. / Fedorov, A. / Lee, S.Y. / Guo, X.L. / Shen, K. / Lawrence, D.S. / Almo, S.C. / Zhang, Z.Y. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: Crystal structure of PTP1B complexed with a potent and selective bidentate inhibitor. 著者: Sun, J.P. / Fedorov, A.A. / Lee, S.Y. / Guo, X.L. / Shen, K. / Lawrence, D.S. / Almo, S.C. / Zhang, Z.Y. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1pxh.cif.gz | 79 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1pxh.ent.gz | 57.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1pxh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1pxh_validation.pdf.gz | 464.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1pxh_full_validation.pdf.gz | 475.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1pxh_validation.xml.gz | 9.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1pxh_validation.cif.gz | 13.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/1pxh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/1pxh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1eeoS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a monomer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37365.637 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-321 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ptp1b / プラスミド: PUC118 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P18031, protein-tyrosine-phosphatase | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SNA / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.18 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG8000, Cacodylate-Na, Magnesium acetate, Jeffamine 600, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
結晶化 | *PLUS 詳細: Barford, D., (1994) Science, 263, 1397. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→30 Å / Num. obs: 22384 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.25 Å / % possible all: 98.5 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / % possible obs: 99.3 % / Num. measured all: 808140 / Rmerge(I) obs: 0.074 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.5 % / Rmerge(I) obs: 0.302 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1EEO 解像度: 2.15→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→20 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Num. reflection obs: 19968 / Num. reflection Rfree: 2199 / % reflection Rfree: 9.8 % / Rfactor Rfree: 0.24 / Rfactor Rwork: 0.202 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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