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- PDB-1pxe: Solution Structure of a CCHHC Domain of Neural Zinc Finger Factor-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pxe
タイトルSolution Structure of a CCHHC Domain of Neural Zinc Finger Factor-1
要素neural zinc finger transcription factor 1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / CCHHC zinc binding domain / neural zinc finger factor-1 / DNA binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


metal ion sequestering activity / neuron fate specification / retinoic acid-responsive element binding / neuron fate commitment / cobalt ion binding / neuron development / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / neuron differentiation / nervous system development ...metal ion sequestering activity / neuron fate specification / retinoic acid-responsive element binding / neuron fate commitment / cobalt ion binding / neuron development / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / neuron differentiation / nervous system development / chromosome / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Myelin transcription factor 1 / Myelin transcription factor 1 / Zinc finger, C2H2C-type superfamily / Zinc finger, C2HC type / Zinc finger, C2H2C-type / Zinc finger CCHHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Myelin transcription factor 1-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / Torsion angle dynamics Simulated annealing
Model type detailsminimized average
データ登録者Berkovits-Cymet, H.J. / Amann, B.T. / Berg, J.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Solution Structure of a CCHHC Domain of Neural Zinc Finger Factor-1 and Its Implications for DNA Binding.
著者: Berkovits-Cymet, H.J. / Amann, B.T. / Berg, J.M.
履歴
登録2003年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 999SEQUENCE THE AUTHORS BELIEVE RESIDUE 32 SHOULD BE THR, NOT ASN. THE FIRST 15 RESIDUES had very few ...SEQUENCE THE AUTHORS BELIEVE RESIDUE 32 SHOULD BE THR, NOT ASN. THE FIRST 15 RESIDUES had very few assignments and NOEs and consequently this region is quite unstructured AND HAS BEEN OMITTED FROM THE COORDINATES.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: neural zinc finger transcription factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2022
ポリマ－7,1361
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 30The submitted conformer models are those with the lowest energies.
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 neural zinc finger transcription factor 1


分子量: 7136.204 Da / 分子数: 1 / 断片: zinc binding domain, CCHHC domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: NZF-1 / プラスミド: pNZF-1e / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P70475
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111DQF-COSY
1212D TOCSY
1312D NOESY
24215N HSQC
25215N HSQC LongRange
2623D HSQC-TOCSY
2723D HSQC-NOESY
38315N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12.3 mM NZF-1(487-548) 2.3 mM ZnCl2 55 mM deuterated TrisThis sample was initially prepared in 100% D2O. It was then dried down and resuspended in 95% H2O/5% D2O.
22.8 mM NZF-1(487-548), U-15N 2.8 mM ZnCl2 36 mM deuterated Tris98% H2O/2% D2O
31.5 mM NZF-1(487-548), U-15N 1.5 mM CdCl2 (Cd-113) 36 mM deuterated TrisD2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1no salt added 6.95ambient 293 K
2no salt added 7.02ambient 303 K
3no salt added 7ambient 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1bcollection
Felix98Accelrys解析
In house perl scriptsBerkovits-Cymet, H.J., Amann, B.T.データ解析
CNS1.1Gregory Warren, Michael Nilges, John Kuszewski, Marius Clore and Axel Brunger構造決定
CNS1.1Warren, Nilges, Kuszewski, Clore, Brunger精密化
精密化手法: Torsion angle dynamics Simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Zinc-ligand bond lengths were constrained as follows: Zn-S(Cys): 2.30 angstroms Zn-N(His): 2.00 angstroms The ligand configuration around the zinc ion was constrained to tetrahedral geometry ...詳細: Zinc-ligand bond lengths were constrained as follows: Zn-S(Cys): 2.30 angstroms Zn-N(His): 2.00 angstroms The ligand configuration around the zinc ion was constrained to tetrahedral geometry by the following constraints: assign (resid 20 and name SG) (resid 25 and name SG) 3.76 0.20 0.20 assign (resid 20 and name SG) (resid 44 and name SG) 3.76 0.20 0.20 assign (resid 25 and name SG) (resid 44 and name SG) 3.76 0.20 0.20 assign (resid 20 and name SG) (resid 38 and name NE2) 3.52 0.20 0.20 assign (resid 25 and name SG) (resid 38 and name NE2) 3.52 0.20 0.20 assign (resid 44 and name SG) (resid 38 and name NE2) 3.52 0.20 0.20 Residues 4-63 were included in the structure calculations.
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: The submitted conformer models are those with the lowest energies.
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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