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万見
- PDB-1pwj: Structure of the Monomeric 8-kDa Dynein Light Chain and Mechanism... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pwj
タイトルStructure of the Monomeric 8-kDa Dynein Light Chain and Mechanism of Domain Swapped Dimer Assembly
要素dynein light chain-2
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / Dynein / Dynein Light Chain / Dimer-monomer Equilibrium / Domain swapping
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of BMF and translocation to mitochondria / Activation of BMF and translocation to mitochondria / Intraflagellar transport / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / RHO GTPases Activate Formins / Aggrephagy ...Activation of BMF and translocation to mitochondria / Activation of BMF and translocation to mitochondria / Intraflagellar transport / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / RHO GTPases Activate Formins / Aggrephagy / Separation of Sister Chromatids / Macroautophagy / Intraflagellar transport / COPI-mediated anterograde transport / myosin V complex / Macroautophagy / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / 9+0 non-motile cilium / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / COPI-mediated anterograde transport / Aggrephagy / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / MHC class II antigen presentation / RHO GTPases Activate Formins / Separation of Sister Chromatids / MHC class II antigen presentation / cytoplasmic dynein complex / dynein intermediate chain binding / microtubule-based process / scaffold protein binding / microtubule / cytoskeleton / postsynapse / postsynaptic density / centrosome / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase / Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase; / Dynein light chain, type 1/2, conserved site / Dynein light chain type 1 signature. / Dynein light chain, type 1/2 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dynein light chain 2, cytoplasmic / Dynein light chain 2, cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Wang, W. / Lo, K.W.-H. / Kan, H.-M. / Fan, J.-S. / Zhang, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Structure of the Monomeric 8-kDa Dynein Light Chain and Mechanism of the Domain-swapped Dimer Assembly
著者: Wang, W. / Lo, K.W.-H. / Kan, H.-M. / Fan, J.-S. / Zhang, M.
履歴
登録2003年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: dynein light chain-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3651
ポリマ－10,3651
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 dynein light chain-2 / Monomeric 8kDa Dynein Light Chain


分子量: 10364.847 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9D0M5, UniProt: Q78P75*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1223D 13C-separated NOESY
1332D NOESY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM DLC8b U-15N90% H2O, 10% D2O, 2mM d10-DTT
21mM DLC8b U-15N, 13C99.99% D2O, 2mM d10-DTT
31mM DLC8b99.99% D2O, 2mM d10-DTT
試料状態pH: 3 / 温度: 303.3 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA7502

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解析

NMR software
名称バージョン分類
VNMR6.1Bcollection
NMRPipe1.7解析
CNS1構造決定
CNS1精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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