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- PDB-1f95: SOLUTION STRUCTURE OF DYNEIN LIGHT CHAIN 8 (DLC8) AND BIM PEPTIDE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f95
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF DYNEIN LIGHT CHAIN 8 (DLC8) AND BIM PEPTIDE COMPLEX
要素
  • BCL2-LIKE 11 (APOPTOSIS FACILITATOR)
  • DYNEIN
キーワードCONTRACTILE PROTEIN/peptide / dynein / light chain / DLC8 / Bim / APOPTOSIS / CONTRACTILE PROTEIN-peptide complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of BIM and translocation to mitochondria / Intraflagellar transport / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / RHO GTPases Activate Formins / Aggrephagy / Loss of Nlp from mitotic centrosomes ...Activation of BIM and translocation to mitochondria / Intraflagellar transport / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / RHO GTPases Activate Formins / Aggrephagy / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Separation of Sister Chromatids / positive regulation of non-motile cilium assembly / nitric-oxide synthase inhibitor activity / COPI-mediated anterograde transport / deoxyribonuclease inhibitor activity / negative regulation of DNA strand resection involved in replication fork processing / Macroautophagy / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / BIM-BCL-xl complex / BIM-BCL-2 complex / regulation of developmental pigmentation / intraciliary retrograde transport / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / mitocytosis / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / MHC class II antigen presentation / motile cilium assembly / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / Activation of BIM and translocation to mitochondria / developmental pigmentation / positive regulation of fibroblast apoptotic process / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / ear development / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / COP9 signalosome / meiosis I / positive regulation of T cell apoptotic process / regulation of organ growth / mammary gland development / tube formation / dynein complex / Bcl-2 family protein complex / myeloid cell homeostasis / cytoplasmic dynein complex / Neutrophil degranulation / dynein intermediate chain binding / cellular response to glucocorticoid stimulus / NRAGE signals death through JNK / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / thymocyte apoptotic process / FOXO-mediated transcription of cell death genes / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / odontogenesis of dentin-containing tooth / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / spermatid development / T cell homeostasis / B cell homeostasis / enzyme inhibitor activity / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / spleen development / positive regulation of cell cycle / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / axon cytoplasm / FLT3 Signaling / endomembrane system / secretory granule / nitric-oxide synthase regulator activity / response to endoplasmic reticulum stress / thymus development / cell-matrix adhesion / post-embryonic development / regulation of mitochondrial membrane potential / positive regulation of protein-containing complex assembly / kidney development / kinetochore / male gonad development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / mitotic spindle / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / positive regulation of neuron apoptotic process / site of double-strand break / scaffold protein binding / spermatogenesis / regulation of apoptotic process / microtubule binding / in utero embryonic development / microtubule / mitochondrial outer membrane / cytoskeleton / cilium / positive regulation of apoptotic process / protein domain specific binding
類似検索 - 分子機能
Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase / Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase; / Apoptosis, Bim N-terminal / Bcl-2-like protein 11 / : / Bim protein N-terminus / Bcl-x interacting, BH3 domain / Bcl-x interacting, BH3 domain / Dynein light chain, type 1/2, conserved site / Dynein light chain type 1 signature. ...Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase / Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase; / Apoptosis, Bim N-terminal / Bcl-2-like protein 11 / : / Bim protein N-terminus / Bcl-x interacting, BH3 domain / Bcl-x interacting, BH3 domain / Dynein light chain, type 1/2, conserved site / Dynein light chain type 1 signature. / Dynein light chain, type 1/2 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl-2-like protein 11 / Dynein light chain 1, cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Fan, J.-S. / Zhang, Q. / Tochio, H. / Li, M. / Zhang, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Structural basis of diverse sequence-dependent target recognition by the 8 kDa dynein light chain.
著者: Fan, J. / Zhang, Q. / Tochio, H. / Li, M. / Zhang, M.
履歴
登録2000年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DYNEIN
B: DYNEIN
C: BCL2-LIKE 11 (APOPTOSIS FACILITATOR)
D: BCL2-LIKE 11 (APOPTOSIS FACILITATOR)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7664
ポリマ－22,7664
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 DYNEIN / PROTEIN INHIBITOR OF NEURONAL NITRIC OXIDE SYNTHASE / DLC8


分子量: 10381.899 Da / 分子数: 2 / 断片: 8KDA LIGHT CHAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: PET14B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63170
#2: タンパク質・ペプチド BCL2-LIKE 11 (APOPTOSIS FACILITATOR)


分子量: 1001.114 Da / 分子数: 2 / 断片: DLC8 BINDING REGION / 由来タイプ: 合成
詳細: This peptide was chemically synthesized. This sequence occurs naturally in humans (Homo sapiens)
参照: UniProt: O43521

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1223D 13C-separated NOESY
1332D NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.5mM DLC8/Bim peptide complex 15N; 100mM phosphate buffer; 10mM DTT; 90% H2O and 10% D2O90% H2O and 10% D2O
21.5mM DLC8/Bim peptide complex 15N,13C; 100mM phosphate buffer; 10mM DTT; 90% H2O and 10% D2O90% H2O and 10% D2O
31.5mM DLC8/Bim peptide complex ; 100mM phosphate buffer; 10mM DTT; 99.9% D2O99.9% D2O
試料状態イオン強度: 100mM / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1bvariancollection
NMRPipe1.7解析
X-PLOR3.8構造決定
CNS1精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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