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- PDB-1f96: SOLUTION STRUCTURE OF DYNEIN LIGHT CHAIN 8 (DLC8) AND NNOS PEPTID... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f96
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF DYNEIN LIGHT CHAIN 8 (DLC8) AND NNOS PEPTIDE COMPLEX
要素
  • DYNEIN LIGHT CHAIN 8
  • PROTEIN (NNOS, NEURONAL NITRIC OXIDE SYNTHASE)
キーワードINHIBITOR/OXIDOREDUCTASE / dynein / light chain / DLC8 / nNOS / INHIBITOR-OXIDOREDUCTASE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of BIM and translocation to mitochondria / nitric-oxide synthase inhibitor activity / Intraflagellar transport / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / RHO GTPases Activate Formins / Aggrephagy ...Activation of BIM and translocation to mitochondria / nitric-oxide synthase inhibitor activity / Intraflagellar transport / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / RHO GTPases Activate Formins / Aggrephagy / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / positive regulation of non-motile cilium assembly / Separation of Sister Chromatids / COPI-mediated anterograde transport / deoxyribonuclease inhibitor activity / negative regulation of DNA strand resection involved in replication fork processing / Macroautophagy / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / intraciliary retrograde transport / mitocytosis / motile cilium assembly / MHC class II antigen presentation / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / COP9 signalosome / dynein complex / cytoplasmic dynein complex / Neutrophil degranulation / dynein intermediate chain binding / spermatid development / enzyme inhibitor activity / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / axon cytoplasm / nitric-oxide synthase regulator activity / regulation of mitochondrial membrane potential / secretory granule / kinetochore / mitotic spindle / site of double-strand break / scaffold protein binding / microtubule / cytoskeleton / cilium / protein domain specific binding / apoptotic process / centrosome / DNA damage response / protein-containing complex binding / enzyme binding / mitochondrion / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase / Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase; / Dynein light chain, type 1/2, conserved site / Dynein light chain type 1 signature. / Dynein light chain, type 1/2 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dynein light chain 1, cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Fan, J.S. / Zhang, Q. / Tochio, H. / Li, M. / Zhang, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Structural basis of diverse sequence-dependent target recognition by the 8 kDa dynein light chain.
著者: Fan, J. / Zhang, Q. / Tochio, H. / Li, M. / Zhang, M.
履歴
登録2000年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DYNEIN LIGHT CHAIN 8
B: DYNEIN LIGHT CHAIN 8
C: PROTEIN (NNOS, NEURONAL NITRIC OXIDE SYNTHASE)
D: PROTEIN (NNOS, NEURONAL NITRIC OXIDE SYNTHASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8604
ポリマ－24,8604
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 DYNEIN LIGHT CHAIN 8


分子量: 10381.899 Da / 分子数: 2 / 断片: DLC8 BINDING REGION / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63170
#2: タンパク質・ペプチド PROTEIN (NNOS, NEURONAL NITRIC OXIDE SYNTHASE)


分子量: 2048.303 Da / 分子数: 2 / 断片: DLC8-BINDING DOMAIN OF NNOS / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1132D NOESY
1223D 13C-separated NOESY
1313D 15N-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.5mM DLC8/nNOS ppetide complex 15N; 100mM phosphate buffer; 10mM DTT; 90%H2O and 10% D2O90%H2O and 10% D2O
21.5mM DLC8/nNOS ppetide complex 15N,13C; 100mM phosphate buffer; 10mM DTT; 90%H2O and 10% D2O90%H2O and 10% D2O
31.5mM DLC8/nNOS ppetide complex ; 100mM phosphate buffer; 10mM DTT; 99.9% D2O99.9% D2O
試料状態イオン強度: 100mM / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1bvariancollection
NMRPipe1.7Delagio,F解析
X-PLOR3.8Brunger, A構造決定
CNS1Brunger, A精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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