ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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DENZO | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング | SOLVE | | 位相決定 | RESOLVE | | モデル構築 | CNS | 1.1 | 精密化 | RESOLVE | | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→19.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.225 | 1537 | 5 % | RANDOM |
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Rwork | 0.201 | - | - | - |
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obs | 0.2011 | 30596 | 93 % | - |
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all | - | 32899 | - | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.3843 Å2 / ksol: 0.381507 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 29 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -2.4 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 2.54 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -0.14 Å2 |
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Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.24 Å / Luzzati sigma a free: 0.14 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→19.96 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2618 | 0 | 0 | 283 | 2901 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.005 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.2 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d22.3 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.83 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.32 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it2.07 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it2.75 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it3.76 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.233 | 206 | 4.7 % |
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Rwork | 0.207 | 4172 | - |
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obs | - | - | 81.3 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | DNA-RNA_REP.PARAM | DNA-RNA.TOP | X-RAY DIFFRACTION | 3 | WATER_REP.PARAMWATER.TOPX-RAY DIFFRACTION | 4 | ION.PARAMION.TOP | | | | | |
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