PDB-1psv: COMPUTATIONALLY DESIGNED PEPTIDE WITH A BETA-BETA-ALPHA FOLD SELE...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1psv

タイトル

COMPUTATIONALLY DESIGNED PEPTIDE WITH A BETA-BETA-ALPHA FOLD SELECTION, NMR, 32 STRUCTURES

要素

PDA8D

キーワード

DESIGNED PEPTIDE / PROTEIN DESIGN / DEAD END ELIMINATION / BETA-BETA-ALPHA FOLD / SEQUENCE OPTIMIZATION

手法

溶液NMR / HYBRID DISTANCE GEOMETRY-SIMULATED ANNEALING

データ登録者

Dahiyat, B.I. / Sarisky, C.A. / Mayo, S.L.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: De novo protein design: towards fully automated sequence selection.
著者: Dahiyat, B.I. / Sarisky, C.A. / Mayo, S.L.

履歴

登録	1997年10月29日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1998年1月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1psv.cif.gz	296.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1psv.ent.gz	247.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1psv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/1psv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/1psv	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	2e2s-d 1cl4-d 1rmk-d 1xsw-d 6jic-d 3a7q-3 2ktx-d 1azh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PDA8D

3.37 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	32 / 98	NO RESTRAINT VIOLATIONS GREATER THAN 0.3 ANGSTROMS, RMS DEVIATIONS FROM IDEALIZED BOND LENGTHS < 0.01 A, AND RMS DEVIATIONS FROM IDEALIZED ANGLES AND IMPROPERS < 1.0 DEGREE
代表モデル

#1: タンパク質・ペプチド	PDA8D 分子量: 3368.819 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SEQUENCE SELECTED BY DEAD END ELIMINATION

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	TOCSY
1	3	1	DQF-COSY

-
試料調製

試料状態	pH: 5 / 温度: 280 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian UNITYPLUS 600 / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS 600 / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
X-PLOR	モデル構築
X-PLOR	精密化
X-PLOR	位相決定

NMR software

名称	開発者	分類
X-PLOR	BRUNGER	精密化
ANSIG		構造決定
X-PLOR		構造決定

精密化

手法: HYBRID DISTANCE GEOMETRY-SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1 / 詳細: SEE JRNL CITATION ABOVE.

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: NO RESTRAINT VIOLATIONS GREATER THAN 0.3 ANGSTROMS, RMS DEVIATIONS FROM IDEALIZED BOND LENGTHS < 0.01 A, AND RMS DEVIATIONS FROM IDEALIZED ANGLES AND IMPROPERS < 1.0 DEGREE
計算したコンフォーマーの数: 98 / 登録したコンフォーマーの数: 32

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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