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- PDB-1pso: The crystal structure of human pepsin and its complex with pepstatin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pso
タイトルThe crystal structure of human pepsin and its complex with pepstatin
要素
  • PEPSIN 3A
  • PEPSTATIN
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / ACID PROTEINASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


multivesicular body lumen / pepsin A / Surfactant metabolism / digestion / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Pepsin catalytic domain / Aspartic peptidase, N-terminal / A1 Propeptide / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Pepsin catalytic domain / Aspartic peptidase, N-terminal / A1 Propeptide / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pepstatin / Pepsin A-5 / Pepsin A-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Streptomyces argenteolus subsp. toyonakensis (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Fujinaga, M. / Chernaia, M.M. / Tarasova, N. / Mosimann, S.C. / James, M.N.G.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of human pepsin and its complex with pepstatin.
著者: Fujinaga, M. / Chernaia, M.M. / Tarasova, N.I. / Mosimann, S.C. / James, M.N.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: Molecular and Crystal Structures of Monoclinic Porcine Pepsin Refined at 1.8 Angstroms Resolution
著者: Sielecki, A.R. / Fedorov, A.A. / Boodhoo, A. / Andreeva, N.S. / James, M.N.G.
履歴
登録1995年1月23日処理サイト: BNL
改定 1.01995年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32013年2月27日Group: Other
改定 1.42024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: PEPSIN 3A
I: PEPSTATIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3182
ポリマ－35,3182
非ポリマー00
水4,216234
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1360 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area13010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.068, 150.972, 40.854
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO E 23

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要素

#1: タンパク質 PEPSIN 3A


分子量: 34631.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00790, UniProt: P0DJD7*PLUS, pepsin A
#2: タンパク質・ペプチド PEPSTATIN


タイプ: Oligopeptide / クラス: 酵素阻害剤 / 分子量: 685.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces argenteolus subsp. toyonakensis (バクテリア)
参照: Pepstatin
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.7 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlpepsin1drop
25 mMpepstasin1drop
3methanol1drop

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: SAN DIEGO MULTIWIRE DETECTION SYSTEM / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年6月17日
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 31184 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 0
反射
*PLUS
最高解像度: 1.97 Å / Num. measured all: 166144 / Rmerge(I) obs: 0.054

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GROMOS精密化
SANDIEGO SOFTWAREデータ削減
精密化解像度: 2→30 Å / σ(F): 0
詳細: RESIDUES WITH ZERO OCCUPANCIES AND NEGATIVE B-FACTORS ARE DISORDERED AND THEIR POSITIONS ARE NOT CONSIDERED TO HAVE BEEN DETERMINED.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.185 --
obs-30584 98.6 %
原子変位パラメータBiso mean: 23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2486 0 0 234 2720
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg2.46
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d2.75
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_deg2.75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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