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- PDB-1psi: Intact recombined alpha1-antitrypsin mutant PHE 51 to LEU -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1psi
タイトルIntact recombined alpha1-antitrypsin mutant PHE 51 to LEU
要素ALPHA=1=-ANTITRYPSIN
キーワードSERINE PROTEASE INHIBITOR / SERPIN / GLYCOPROTEIN / POLYMORPHISM / EMPHYSEMA / DISEASE MUTATION / ACUTE PHASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / platelet alpha granule lumen / acute-phase response / Post-translational protein phosphorylation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation ...Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / platelet alpha granule lumen / acute-phase response / Post-translational protein phosphorylation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation / Platelet degranulation / protease binding / : / ficolin-1-rich granule lumen / endoplasmic reticulum lumen / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily ...Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-1-antitrypsin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Abrahams, J.P. / Elliott, P.R. / Lomas, D.A. / Carrell, R.W.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: Inhibitory conformation of the reactive loop of alpha 1-antitrypsin.
著者: Elliott, P.R. / Lomas, D.A. / Carrell, R.W. / Abrahams, J.P.
履歴
登録1996年6月11日処理サイト: BNL
改定 1.01996年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands
改定 1.42023年8月9日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA=1=-ANTITRYPSIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4071
ポリマ－44,4071
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)112.958, 38.508, 88.928
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.85, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 ALPHA=1=-ANTITRYPSIN


分子量: 44406.539 Da / 分子数: 1 / 変異: F51L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: BLOOD PLASMA / 遺伝子: ALPHA-1-ANTITRYPSIN / 器官: BLOOD / プラスミド: PTERMAT / 遺伝子 (発現宿主): ALPHA-1-ANTITRYPSIN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01009

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化pH: 6
詳細: 24% PEG, 0.2 M SODIUM ACETATE, 0.1 M TRIS.HCL, PH 6.0, 0.002 M FESO4, 25 DEG CELSIUS
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
124 %(w/v)PEG40001reservoir
20.2 M1reservoirNaOAc
30.1 MTris-HCl1reservoirpH6.0
42 mM1reservoirFeSO4-7H2O

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-11 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年2月12日 / 詳細: NICKEL COATED DOUBLE MIRROR
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.92→19.5 Å / Num. obs: 7651 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(I): 3.5 / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 8.36
反射 シェル解像度: 2.91→3.11 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.204 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Rsym value: 0.204 / % possible all: 74.4
反射
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 6 Å / Rmerge(I) obs: 0.114
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 3.1 Å / % possible obs: 74.4 % / Rmerge(I) obs: 0.204

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CLEAVED ALPHA1-ANTITRYPSIN (PDB ENTRY 9API)

9api


解像度: 2.92→6 Å / σ(F): 0
詳細: RESIDUES 106 - 108 ARE POORLY ORDERED. ALTHOUGH SOME CONNECTED DENSITY EXISTS, A STEREOCHEMICALLY CORRECT MODEL FITTING THE DATA COULD NOT BE BUILT. THE OCCUPANCIES OF THESE RESIDUES ARE SET ...詳細: RESIDUES 106 - 108 ARE POORLY ORDERED. ALTHOUGH SOME CONNECTED DENSITY EXISTS, A STEREOCHEMICALLY CORRECT MODEL FITTING THE DATA COULD NOT BE BUILT. THE OCCUPANCIES OF THESE RESIDUES ARE SET TO ZERO. PRO 106 - SER 108 IS A POORLY ORDERED LOOP, PRESENT IN MULTIPLE CONFORMATIONS. A STEREOCHEMICALLY VALID MODEL WAS BUILT, BUT THE OCCUPANCIES ARE SET TO ZERO.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 --
Rwork0.218 --
obs0.218 6699 91.7 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.92→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2956 0 0 0 2956
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.53
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d15.76
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'TNT and X-PLOR' / 分類: refinement
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.218 / Rfactor Rfree: 0.288 / Rfactor Rwork: 0.215 / 最高解像度: 2.9 Å / Num. reflection all: 6699 / Num. reflection Rfree: 754
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg15.761
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0065
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.27
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.0052
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.0075

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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