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- PDB-1ppn: STRUCTURE OF MONOCLINIC PAPAIN AT 1.60 ANGSTROMS RESOLUTION -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ppn
タイトルSTRUCTURE OF MONOCLINIC PAPAIN AT 1.60 ANGSTROMS RESOLUTION
要素PAPAIN
キーワードHYDROLASE(SULFHYDRYL PROTEINASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


papain / serpin family protein binding / proteolysis involved in protein catabolic process / lysosome / cysteine-type endopeptidase activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / : / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / Peptidase C1A, papain C-terminal ...Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / : / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
METHANOL / Unknown ligand / Papain
類似検索 - 構成要素
生物種Carica papaya (パパイア)
手法X線回折 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Pickersgill, R.W. / Harris, G.W. / Garman, E.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1992
タイトル: Structure of Monoclinic Papain at 1.60 Angstroms Resolution
著者: Pickersgill, R.W. / Harris, G.W. / Garman, E.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1992
タイトル: The Segmented Anisotropic Refinement of Monoclinic Papain by the Application of the Rigid-Body Tls Model and Comparison to Bovine Ribonuclease A
著者: Harris, G.W. / Pickersgill, R.W. / Howlin, B. / Moss, D.S.
履歴
登録1991年10月25日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32015年4月8日Group: Non-polymer description
改定 1.42024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PAPAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4843
ポリマ－23,4521
非ポリマー322
水4,071226
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.700, 50.700, 31.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: ASP 57 - ARG 58 OMEGA =146.65 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
2: CIS PROLINE - PRO 152
3: THE SG ATOM OF ACTIVE SITE RESIDUE CYS 25 HAS ANOTHER ATOM BOUND TO IT, TREATED AS AN OXYGEN IN THE REFINEMENT. AN ADDITIONAL OXYGEN ATOM IS PRESENTED AS A HETATM (O) AT THE END OF THE CHAIN.

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要素

#1: タンパク質 PAPAIN


分子量: 23452.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Carica papaya (パパイア) / 参照: UniProt: P00784
#2: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-MOH / METHANOL / ヒドロキシメチリジンラジカル


分子量: 32.042 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.4 %
結晶化
*PLUS
pH: 5 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11.3 %papain11
225 mM11NaCl
325 %(v/v)methanol11
40.1 Msodium acetate11
567 %(v/v)methanol12

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / % possible obs: 93 % / Rmerge F obs: 0.0507

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.6→10 Å
詳細: A SECOND SITE FOR ASN 169 WAS IDENTIFIED AND REFINED, THE OCCUPANCY OF THE TWO SITES REFINED TO 0.47 AND 0.53. THE SG ATOM OF ACTIVE SITE RESIDUE CYS 25 HAS ANOTHER ATOM BOUND TO IT, TREATED ...詳細: A SECOND SITE FOR ASN 169 WAS IDENTIFIED AND REFINED, THE OCCUPANCY OF THE TWO SITES REFINED TO 0.47 AND 0.53. THE SG ATOM OF ACTIVE SITE RESIDUE CYS 25 HAS ANOTHER ATOM BOUND TO IT, TREATED AS AN OXYGEN IN THE REFINEMENT.
Rfactor反射数
Rwork0.1596 -
obs-20172
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1655 0 3 226 1884
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d0.049
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'RESTRAINED LEAST-SQUARES' / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 20172 / Rfactor obs: 0.1596
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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