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- PDB-1pp1: Crystal structure of the Borna Disease Virus Nucleoprotein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pp1
タイトルCrystal structure of the Borna Disease Virus Nucleoprotein
要素p40 nucleoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / RNA VIRUS NUCLEOPROTEIN TETRAMER
機能・相同性
機能・相同性情報


: / symbiont-mediated arrest of host cell cycle during G2/M transition / : / helical viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能
borna disease virus nucleoprotein, domain 1 / borna disease virus nucleoprotein, domain 1 / borna disease virus nucleoprotein, domain 2 / borna disease virus nucleoprotein, domain 2 / P40 nucleoprotein, Borna disease virus / P40 nucleoprotein, subdomain 1, Borna disease virus / P40 nucleoprotein superfamily, Borna disease virus / Borna disease virus P40 protein / P40 nucleoprotein, subdomain 2, Borna disease virus / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoprotein / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Borna disease virus (ボルナ病ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Rudolph, M.G. / Kraus, I. / Dickmanns, A. / Garten, W. / Ficner, R.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of the Borna Disease Virus nucleoprotein
著者: Rudolph, M.G. / Kraus, I. / Dickmanns, A. / Eickmann, M. / Garten, W. / Ficner, R.
履歴
登録2003年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). The authors state that the crystallographic data strongly support a tetramer. The authors can not confirm this at present, since there are no independent data published as to the oligomeric state of the protein in solution.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: p40 nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0721
ポリマ－42,0721
非ポリマー00
水6,882382
1
X: p40 nucleoprotein

X: p40 nucleoprotein

X: p40 nucleoprotein

X: p40 nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,2894
ポリマ－168,2894
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area19400 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area58530 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)100.261, 100.261, 103.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 p40 nucleoprotein


分子量: 42072.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Borna disease virus (ボルナ病ウイルス)
属: Bornavirus / プラスミド: pMal-c2g / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q01552, UniProt: P0C796*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 382 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.12 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 9 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
18 mg/mlprotein1drop
215 %PEG550 MME1reservoir
30.1 M1reservoirNaCl
42-5 mMdithiothreitol1reservoir
50.1 MBicine1reservoirpH9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 0.9793, 0.802, 0.9787
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.8021
30.97871
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 38615 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 3.19 % / Biso Wilson estimate: 20.507 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 17.07
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 3019 / Rsym value: 0.232 / % possible all: 75.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→29.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 2.377 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1822 1957 5.1 %RANDOM
Rwork0.15337 ---
obs0.15484 36657 96.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.554 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å20 Å20 Å2
2--0.27 Å20 Å2
3----0.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2591 0 0 382 2973
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0212662
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022450
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4141.9583601
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.41135722
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7875333
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2410
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022917
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.02527
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.2563
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2380.22661
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.21400
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1880.2284
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1530.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3010.2115
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2130.235
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0311.51668
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.91922698
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6693994
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3554.5903
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.291 110
Rwork0.246 2179
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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