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- PDB-1pmh: Crystal structure of Caldicellulosiruptor saccharolyticus CBM27-1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pmh
タイトルCrystal structure of Caldicellulosiruptor saccharolyticus CBM27-1 in complex with mannohexaose
要素beta-1,4-mannanase
キーワードHYDROLASE / jellyroll beta-sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


substituted mannan metabolic process / mannan endo-1,4-beta-mannosidase / mannan endo-1,4-beta-mannosidase activity / carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate binding module 27 / Carbohydrate binding module 27 / Glycoside hydrolase family 26 / Glycosyl hydrolase family 26 / Glycosyl hydrolase family 26 domain / Glycosyl hydrolases family 26 (GH26) domain profile. / Carbohydrate binding module (family 6) / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / Galactose-binding domain-like ...Carbohydrate binding module 27 / Carbohydrate binding module 27 / Glycoside hydrolase family 26 / Glycosyl hydrolase family 26 / Glycosyl hydrolase family 26 domain / Glycosyl hydrolases family 26 (GH26) domain profile. / Carbohydrate binding module (family 6) / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Beta-1,4-mannanase
類似検索 - 構成要素
生物種Caldicellulosiruptor saccharolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.06 Å
データ登録者Roske, Y. / Sunna, A. / Heinemann, U.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: High-resolution crystal structures of Caldicellulosiruptor strain Rt8B.4 carbohydrate-binding module CBM27-1 and its complex with mannohexaose.
著者: Roske, Y. / Sunna, A. / Pfeil, W. / Heinemann, U.
履歴
登録2003年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999SEQUENCE According to the author there is a mistake in the sequence database

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: beta-1,4-mannanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1827
ポリマ－20,9031
非ポリマー1,2796
水5,026279
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.281, 45.700, 110.113
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 beta-1,4-mannanase / CsCBM27-1


分子量: 20903.033 Da / 分子数: 1 / 断片: Carbohydrate binding module / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caldicellulosiruptor saccharolyticus (バクテリア)
株: Rt8B.4 / 遺伝子: manA / プラスミド: pPROEX HTc / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha
参照: GenBank: 1491795, UniProt: P77847*PLUS, mannan endo-1,4-beta-mannosidase
#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 990.860 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DManpb1-4DManpb1-4DManpb1-4DManpb1-4DManpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,6,5/[a1122h-1a_1-5][a1122h-1b_1-5]/1-2-2-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Manp]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.59 %
結晶化温度: 283.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG4000, Isopropanol, Na-Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283.15K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11101
21101
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンBESSY 14.210.9795
シンクロトロンBESSY 14.220.97981
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARRESEARCH1IMAGE PLATE2003年1月30日mirrors
MARRESEARCH2IMAGE PLATE2003年1月30日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Double crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.979811
反射解像度: 1.06→30 Å / Num. all: 84822 / Num. obs: 81658 / % possible obs: 89.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 8.8 Å2 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 34.6
反射 シェル解像度: 1.06→1.09 Å / Num. unique all: 1544 / Rsym value: 0.09 / % possible all: 74.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.06→23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.984 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.978 / SU B: 0.469 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.027 / ESU R Free: 0.029 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1729 4226 5 %RANDOM
Rwork0.14132 ---
all0.204 84822 --
obs0.14287 80596 95.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.624 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.91 Å20 Å20 Å2
2---0.74 Å20 Å2
3----0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.06→23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1528 0 97 279 1904
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221662
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021430
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.072.0052250
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.80133360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3535182
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.2261
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.021727
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0150.02319
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2350.2295
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2670.21618
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0930.2912
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1650.2196
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3660.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3540.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2420.240
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9483918
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.94561500
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.3285744
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.7797.5750
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.7752.51662
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free15.474283
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.37541624
LS精密化 シェル解像度: 1.06→1.087 Å / Rfactor Rfree error: 0.05 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.398 255 -
Rwork0.394 5099 -
obs-71983 82.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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