[日本語] English
万見
- PDB-1pm7: RmlC (dTDP-6-DEOXY-D-XYLO-4-HEXULOSE 3,5-EPIMERASE)STRUCTURE FROM... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pm7
タイトルRmlC (dTDP-6-DEOXY-D-XYLO-4-HEXULOSE 3,5-EPIMERASE)STRUCTURE FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS AND INHIBITOR DESIGN. THE APO STRUCTURE.
要素RFBC
キーワードISOMERASE / RmlC / Beta Barrel / main beta sheet structure / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase activity / dTDP-rhamnose biosynthetic process / extracellular polysaccharide biosynthetic process / carbohydrate metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase-related / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Dong, C. / Naismith, J.H. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2003
タイトル: Novel inhibitors of an emerging target in Mycobacterium tuberculosis; substituted thiazolidinones as inhibitors of dTDP-rhamnose synthesis.
著者: Babaoglu, K. / Page, M.A. / Jones, V.C. / McNeil, M.R. / Dong, C. / Naismith, J.H. / Lee, R.E.
履歴
登録2003年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RFBC
B: RFBC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9766
ポリマ－44,6742
非ポリマー3024
水2,792155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3890 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area16820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.066, 66.066, 87.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

-
要素

#1: タンパク質 RFBC / dTDP-4-dehydrorhamnose 3 / 5-epimerase / dTDP-6-deoxy-D-xylo-4-hexulose 3 / 5-epimerase


分子量: 22336.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: rmlc (rfbc) / プラスミド: pET23b(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O06330, UniProt: P9WH11*PLUS, dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.23 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 8K, 0.2M calcium acetate, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: unknown

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.448 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月2日
放射モノクロメーター: Liquid gallium cooled, bent, triangulary Si 111
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.448 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→56.8 Å / Num. obs: 21690 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 8.73 / Observed criterion σ(I): 11 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 46.47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 1.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.423 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 3149 / Rsym value: 0.364 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→56.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 9.261 / SU ML: 0.229 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 1.8 / ESU R Free: 0.254 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28339 1110 5.1 %RANDOM
Rwork0.2071 ---
obs0.21102 20551 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.349 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.74 Å20.37 Å20 Å2
2--0.74 Å20 Å2
3----1.12 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.254 Å0 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→56.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3100 0 20 155 3275
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0213196
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022826
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6821.9344352
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90536538
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.2125396
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2476
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023622
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02692
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.2656
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2540.23305
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.21934
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1920.2141
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2910.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2840.274
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1910.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.691.51988
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.06223198
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.65631208
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3314.51154
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.02723196
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free3.4722167
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded1.40123120
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.341 84
Rwork0.263 1511
obs-1511
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.27162.35050.79392.9388-0.96925.30260.21710.41530.06910.3070.0011-0.085-0.82191.097-0.21810.2207-0.25640.05110.35-0.03460.1522.349128.4717-1.432
25.57262.6665-0.61383.92441.12955.19480.33370.1962-0.04660.3198-0.14340.08030.5249-1.2481-0.19030.0831-0.17320.00110.46230.04840.1497-2.764413.98921.568
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1991 - 199
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 1991 - 199

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る