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- PDB-1pm1: Crystal structure of nitrophorin 2 L122V/L132V mutant complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pm1
タイトルCrystal structure of nitrophorin 2 L122V/L132V mutant complex with imidazole
要素Nitrophorin 2
キーワードBLOOD CLOTTING INHIBITOR / beta barrel / lipocalin / imidazole / ferric heme
機能・相同性
機能・相同性情報


histamine binding / nitric oxide binding / vasodilation / toxin activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrophorin / Nitrophorin domain / Nitrophorin / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / IMIDAZOLE / Nitrophorin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodnius prolixus (カメムシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Weichsel, A. / Montfort, W.R.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Conformational change and heme ruffling in nitrophorin 2, a nitric oxide carrier from kissing bug
著者: Weichsel, A. / Montfort, W.R.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: The crystal structure of nitrophorin 2. A trifunctional antihemostatic protein from the saliva of Rhodnius prolixus.
著者: Andersen, J.F. / Montfort, W.R.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Ligand-induced heme ruffling and bent NO geometry in ultra-high-resolution structures of nitrophorin 4
著者: Roberts, S.A. / Weichsel, A. / Qui, Y. / Shelnutt, J.A. / Walker, F.A. / Montfort, W.R.
履歴
登録2003年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Nitrophorin 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7383
ポリマ－20,0521
非ポリマー6862
水4,378243
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.310, 125.470, 33.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11X-238-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Nitrophorin 2 / NP2 / Prolixin-S


分子量: 20052.336 Da / 分子数: 1 / 変異: L122V, L132V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodnius prolixus (カメムシ) / プラスミド: pET17B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q26241
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: sodium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月15日 / 詳細: bent Si-mirror
放射モノクロメーター: bent Ge(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→28.7 Å / Num. all: 62884 / Num. obs: 62884 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 8.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 1.1→1.14 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique all: 5509 / Rsym value: 0.27 / % possible all: 81.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.22精密化
XDISPLAYFデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 1EUO

1euo


解像度: 1.1→28.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 0.491 / SU ML: 0.024 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.035 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.177 3164 5.1 %RANDOM
Rwork0.1536 ---
all0.1547 62884 --
obs0.1547 58988 89.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.562 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.56 Å20 Å20 Å2
2---0.43 Å20 Å2
3----0.13 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.035 Å0.035 Å
Luzzati sigma a-0.024 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→28.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1419 0 48 244 1711
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0211502
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021281
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9362.0522041
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.02133020
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9825179
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1570.2218
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.021648
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02267
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.2268
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2660.21564
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1030.2915
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2160
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1910.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2430.264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1910.235
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8711.5893
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.61121440
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1843609
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4794.5601
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.94521502
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free6.9792244
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.29721467
LS精密化 シェル解像度: 1.1→1.129 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 208 -
Rwork0.213 3708 -
obs-3708 77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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