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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pk4 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL AND MOLECULAR STRUCTURE OF HUMAN PLASMINOGEN KRINGLE 4 REFINED AT 1.9-ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
![]() | PLASMINOGEN KRINGLE 4 | ||||||
![]() | HYDROLASE(SERINE PROTEASE) | ||||||
機能・相同性 | ![]() plasmin / trans-synaptic signaling by BDNF, modulating synaptic transmission / trophoblast giant cell differentiation / tissue remodeling / protein antigen binding / tissue regeneration / mononuclear cell migration / Signaling by PDGF / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / positive regulation of fibrinolysis ...plasmin / trans-synaptic signaling by BDNF, modulating synaptic transmission / trophoblast giant cell differentiation / tissue remodeling / protein antigen binding / tissue regeneration / mononuclear cell migration / Signaling by PDGF / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / positive regulation of fibrinolysis / Dissolution of Fibrin Clot / negative regulation of cell-substrate adhesion / myoblast differentiation / biological process involved in interaction with symbiont / labyrinthine layer blood vessel development / muscle cell cellular homeostasis / Activation of Matrix Metalloproteinases / apolipoprotein binding / extracellular matrix disassembly / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of fibrinolysis / fibrinolysis / Degradation of the extracellular matrix / serine-type peptidase activity / platelet alpha granule lumen / Schaffer collateral - CA1 synapse / kinase binding / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / collagen-containing extracellular matrix / protease binding / endopeptidase activity / blood microparticle / protein domain specific binding / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / glutamatergic synapse / enzyme binding / cell surface / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Tulinsky, A. / Mulichak, A.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal and molecular structure of human plasminogen kringle 4 refined at 1.9-A resolution. 著者: Mulichak, A.M. / Tulinsky, A. / Ravichandran, K.G. #1: ![]() タイトル: Structure of Bovine Prothrombin Fragment 1 Refined at 2.25 Angstroms Resolution 著者: Seshadri, T.P. / Tulinsky, A. / Skrzypczak-Jankun, E. / Park, C.H. #2: ![]() タイトル: Structure of the Lysine-Fibrin Binding Subsite of Human Plasminogen Kringle 4 著者: Mulichak, A.M. / Tulinsky, A. #3: ![]() タイトル: Lysine(Slash)Fibrin Binding Sites of Kringles Modeled After the Structure of Kringle 1 of Prothrombin 著者: Tulinsky, A. / Park, C.H. / Mao, B. / Llinas, M. #4: ![]() タイトル: Structure of Prothrombin Fragment 1 Refined at 2.8 Angstroms Resolution 著者: Tulinsky, A. / Park, C.H. / Skrzypczak-Jankun, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 25.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 18.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 374.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 376.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 30 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9040.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.83 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / Num. all: 6665 / Num. obs: 4869 / % possible obs: 73 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.41 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PROFFT / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | Rfactor obs: 0.142 / 最高解像度: 1.9 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.9 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROFFT / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / Num. reflection obs: 4919 / Rfactor obs: 0.142 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 18 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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