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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pig | ||||||||||||
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タイトル | PIG PANCREATIC ALPHA-AMYLASE COMPLEXED WITH THE OLIGOSACCHARIDE V-1532 | ||||||||||||
![]() | ALPHA-AMYLASE | ||||||||||||
![]() | GLYCOSYLTRANSFERASE / ALPHA-AMYLASE ALPHA-1 / 4-GLUCAN-4-GLUCANOHYDROLASE GLYCOSYLTRANSFERASE | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() alpha-amylase / carbohydrate catabolic process / alpha-amylase activity / chloride ion binding / carbohydrate metabolic process / calcium ion binding / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() | ||||||||||||
![]() | Machius, M. / Vertesy, L. / Huber, R. / Wiegand, G. | ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Carbohydrate and protein-based inhibitors of porcine pancreatic alpha-amylase: structure analysis and comparison of their binding characteristics. 著者: Machius, M. / Vertesy, L. / Huber, R. / Wiegand, G. #1: ![]() タイトル: The Crystal Structure of Porcine Pancreatic Alpha-Amylase in Complex with the Microbial Inhibitor Tendamistat 著者: Wiegand, G. / Epp, O. / Huber, R. #2: ![]() タイトル: Carbohydrate Binding Sites in a Pancreatic Alpha-Amylase-Substrate Complex, Derived from X-Ray Structure Analysis at 2.1 Angstrom Resolution 著者: Qian, M. / Haser, R. / Payan, F. #3: ![]() タイトル: Refined Molecular Structure of Pig Pancreatic Alpha-Amylase at 2.1 A Resolution 著者: Larson, S.B. / Greenwood, A. / Cascio, D. / Day, J. / McPherson, A. #4: ![]() タイトル: The Active Center of a Mammalian Alpha-Amylase. Structure of the Complex of a Pancreatic Alpha-Amylase with a Carbohydrate Inhibitor Refined to 2.2-A Resolution 著者: Qian, M. / Haser, R. / Buisson, G. / Duee, E. / Payan, F. #5: ![]() タイトル: Structure and Molecular Model Refinement of Pig Pancreatic Alpha-Amylase at 2.1 A Resolution 著者: Qian, M. / Haser, R. / Payan, F. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 114.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 90.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 639.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 643.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 55373.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-糖 , 5種, 5分子 ![](data/chem/img/BGC.gif)
#2: 多糖 | 4-amino-4,6-dideoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose |
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#3: 多糖 | 4-amino-4,6-dideoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose |
#4: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose |
#5: 多糖 | beta-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-cellobiose |
#7: 糖 | ChemComp-BGC / |
-非ポリマー , 4種, 231分子 ![](data/chem/img/HMC.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#6: 化合物 | ChemComp-HMC / |
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#8: 化合物 | ChemComp-CA / |
#9: 化合物 | ChemComp-CL / |
#10: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
非ポリマーの詳細 | TRESTATIN LIKE COMPOUNDS HAVE BEEN ISOLATED FROM STREPTOMYCES GALBUS CULTURE MEDIUM AND TREATED ...TRESTATIN LIKE COMPOUNDS HAVE BEEN ISOLATED FROM STREPTOMYC |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 72 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 詳細: VAPOR DIFFUSION; 10 MICROLITER OF PROTEIN (15 MG/ML IN 0.1 M AMMONIUM CACODYLATE, PH 10.0 0.001 M V-1532) WERE STEPWISE CONCENTRATED OVER 0.1, 0.15, AND 0.25 M AMMONIUM CACODYLATE, PH 6.0., vapor diffusion PH範囲: 6.0-10.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 275 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年7月20日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→20.5 Å / Num. obs: 47260 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 32.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å / % possible all: 97.8 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.8 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER 開始モデル: 1PIF 解像度: 2.2→7 Å / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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