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万見
- PDB-1phs: THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE SEED STORAGE PROTEIN PHASE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1phs
タイトルTHE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE SEED STORAGE PROTEIN PHASEOLIN AT 3 ANGSTROMS RESOLUTION
要素PHASEOLIN, BETA-TYPE PRECURSOR
キーワードPLANT SEED STORAGE PROTEIN (VICILIN)
機能・相同性
機能・相同性情報


aleurone grain / nutrient reservoir activity / vacuole
類似検索 - 分子機能
: / Cupin / Cupin 1 / Cupin / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Phaseolin, beta-type
類似検索 - 構成要素
生物種Phaseolus vulgaris (インゲン)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Lawrence, M.C. / Suzuki, E. / Varghese, J.N. / Davis, P.C. / Vandonkelaar, A. / Tulloch, P.A. / Colman, P.M.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 1990
タイトル: The three-dimensional structure of the seed storage protein phaseolin at 3 A resolution.
著者: Lawrence, M.C. / Suzuki, E. / Varghese, J.N. / Davis, P.C. / Van Donkelaar, A. / Tulloch, P.A. / Colman, P.M.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1983
タイトル: Crystallization of Phaseolin from Phaseolus Vulgaris
著者: Suzuki, E. / Vandonkelaar, A. / Varghese, J.N. / Lilley, G.G. / Blagrove, R.J. / Colman, P.M.
履歴
登録1990年3月21日処理サイト: BNL
改定 1.01990年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年9月27日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / atom_sites ...atom_site / atom_sites / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_oper
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _atom_sites.fract_transf_vector[1] / _atom_sites.fract_transf_vector[2] / _atom_sites.fract_transf_vector[3] / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][2] / _database_PDB_matrix.origx[1][3] / _database_PDB_matrix.origx[2][1] / _database_PDB_matrix.origx[2][2] / _database_PDB_matrix.origx[2][3] / _database_PDB_matrix.origx[3][1] / _database_PDB_matrix.origx[3][2] / _database_PDB_matrix.origx[3][3] / _database_PDB_matrix.origx_vector[1] / _database_PDB_matrix.origx_vector[2] / _database_PDB_matrix.origx_vector[3] / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ncs_oper.matrix[1][1] / _struct_ncs_oper.matrix[1][2] / _struct_ncs_oper.matrix[1][3] / _struct_ncs_oper.matrix[2][1] / _struct_ncs_oper.matrix[2][2] / _struct_ncs_oper.matrix[2][3] / _struct_ncs_oper.matrix[3][1] / _struct_ncs_oper.matrix[3][2] / _struct_ncs_oper.matrix[3][3] / _struct_ncs_oper.vector[1] / _struct_ncs_oper.vector[2] / _struct_ncs_oper.vector[3]
詳細: Coordinates and associated ncs operations (if present) transformed into standard crystal frame
Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHASEOLIN, BETA-TYPE PRECURSOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0431
ポリマ－45,0431
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: PHASEOLIN, BETA-TYPE PRECURSOR

A: PHASEOLIN, BETA-TYPE PRECURSOR

A: PHASEOLIN, BETA-TYPE PRECURSOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,1293
ポリマ－135,1293
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation2
単位格子
Length a, b, c (Å)126.800, 134.500, 161.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1generate(0.24015326, -0.06154476, -0.96881513), (0.93849889, -0.24008369, 0.24775035), (-0.24786933, -0.96886263, -6.958E-5)90.99927, 14.00179, 120.80507
2generate(0.2400531, 0.9386447, -0.24784473), (-0.06134421, -0.24015614, -0.96873014), (-0.96878616, 0.24793041, 0.00010304)-5.04645, 125.97244, 84.67497
3generate(-0.87714645, 0.48033542, 1.902E-5), (0.48011021, 0.87714638, 7.464E-5), (-3.233E-5, -0.00012611, -0.99999993)86.70777, -22.18006, 79.87325
4generate(0.24014024, -0.06135506, 0.96879658), (0.9384829, -0.24020944, -0.24782438), (0.24774304, 0.96889445, 6.92E-5)13.61587, 33.80023, -40.93646
5generate(-0.2400464, -0.93867917, -0.24791947), (0.06137141, 0.24001921, -0.96871144), (0.96878642, -0.24793096, 2.72E-5)151.64488, 85.89973, -4.81743

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要素

#1: タンパク質 PHASEOLIN, BETA-TYPE PRECURSOR / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 45043.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phaseolus vulgaris (インゲン) / 参照: UniProt: P02853

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
詳細: taken from Suzuki, E. et al (1983). J. Biol. Chem., 258, 2634-2636.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
250 %satammonium sulfate1drop
370 %satammonium sulfate1reservoiror 23% ethanol

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / Num. obs: 41688 / % possible obs: 74 % / Rmerge(I) obs: 0.102

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解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / 分類: 精密化
精密化解像度: 3→6 Å /
Rfactor反射数
Rwork0.225 -
obs-34024
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数364 0 0 0 364
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.73
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 34024 / Rfactor obs: 0.225
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.73

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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