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万見
- PDB-1phh: CRYSTAL STRUCTURE OF P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE COMPLEXED WITH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1phh
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE COMPLEXED WITH ITS REACTION PRODUCT 3,4-DIHYDROXYBENZOATE
要素P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase (NADPH) activity / 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase / 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase activity / benzoate catabolic process via hydroxylation / FAD binding / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase / : / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily ...4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase / : / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,4-DIHYDROXYBENZOIC ACID / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / p-hydroxybenzoate hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Schreuder, H.A. / Drenth, J.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988
タイトル: Crystal structure of p-hydroxybenzoate hydroxylase complexed with its reaction product 3,4-dihydroxybenzoate.
著者: Schreuder, H.A. / van der Laan, J.M. / Hol, W.G. / Drenth, J.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1983
タイトル: P-Hydroxybenzoate Hydroxylase from Pseudomonas Fluorescens. 2. Fitting of the Amino-Acid Sequence to the Tertiary Structure
著者: Weijer, W.J. / Hofsteenge, J. / Beintema, J.J. / Wierenga, R.K. / Drenth, J.
#2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1983
タイトル: P-Hydroxybenzoate Hydroxylase from Pseudomonas Fluorescens. 1. Completion of the Elucidation of the Primary Structure
著者: Hofsteenge, J. / Weijer, W.J. / Jekel, P.A. / Beintema, J.J.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1983
タイトル: Comparison of the Three-Dimensional Protein and Nucleotide Structure of the Fad-Binding Domain of P-Hydroxybenzoate Hydroxylase with the Fad-as Well as Nadph-Binding Domains of Glutathione Reductase
著者: Wierenga, R.K. / Drenth, J. / Schulz, G.E.
#4: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1980
タイトル: Primary and Tertiary Structure Studies of P-Hydroxybenzoate Hydroxylase from Pseudomonas Fluorescens. Isolation and Alignment of the Cnbr Peptides. Interactions of the Protein with ...タイトル: Primary and Tertiary Structure Studies of P-Hydroxybenzoate Hydroxylase from Pseudomonas Fluorescens. Isolation and Alignment of the Cnbr Peptides. Interactions of the Protein with Flavin Adenine Dinucleotide
著者: Hofsteenge, J. / Vereijken, J.M. / Weijer, W.J. / Beintema, J.J. / Wierenga, R.K. / Drenth, J.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1979
タイトル: Crystal Structure of P-Hydroxybenzoate Hydroxylase
著者: Wierenga, R.K. / Dejong, R.J. / Kalk, K.H. / Hol, W.G.J. / Drenth, J.
#6: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1975
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Investigation of P-Hydrobenzoate Hydroxylase from Pseudomonas Fluorescens
著者: Drenth, J. / Hol, W.G.J. / Wierenga, R.K.
履歴
登録1987年11月4日処理サイト: BNL
改定 1.01988年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3203
ポリマ－44,3811
非ポリマー9402
水4,918273
1
A: P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
ヘテロ分子

A: P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,6406
ポリマ－88,7612
非ポリマー1,8794
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area6350 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area31600 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)71.900, 146.300, 88.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Atom site foot note1: RESIDUE 275 IS A CIS-PROLINE.

-
要素

#1: タンパク質 P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE


分子量: 44380.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 参照: UniProt: P00438, 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-DHB / 3,4-DIHYDROXYBENZOIC ACID


分子量: 154.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.28 %
結晶化
*PLUS
温度: 4-20 ℃ / pH: 7.5 / 手法: batch method
詳細: took method of Drenth et al., 1975 from original paper
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlprotein11
22 mMp-hydroxybezoate11
30.04 mMFAD11
40.3 mMEDTA11
50.2 mMreduced glutathione11
630 mMsodium sulfate11
70.1 Mpotassium phosphate11

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / Num. obs: 15546 / Num. measured all: 103934 / Rmerge F obs: 0.055

-
解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化Rfactor obs: 0.193 / 最高解像度: 2.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3125 0 64 273 3462
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.05
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 14339 / Rfactor obs: 0.193
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.04
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_d32.1
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.050.05
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.020.01
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.150.181
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it21.106
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.52.991
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it21.798
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it54.298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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