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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pgo | ||||||
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タイトル | CRYSTALLOGRAPHIC STUDY OF COENZYME, COENZYME ANALOGUE AND SUBSTRATE BINDING IN 6-PHOSPHOGLUCONATE DEHYDROGENASE: IMPLICATIONS FOR NADP SPECIFICITY AND THE ENZYME MECHANISM | ||||||
![]() | 6-PHOSPHOGLUCONATE DEHYDROGENASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE (CHOH(D)-NADP+(A)) | ||||||
機能・相同性 | ![]() phosphogluconate 2-dehydrogenase activity / D-gluconate catabolic process / phosphogluconate dehydrogenase (NADP+-dependent, decarboxylating) / phosphogluconate dehydrogenase (decarboxylating) activity / pentose-phosphate shunt, oxidative branch / pentose-phosphate shunt / NADP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Adams, M.J. / Phillips, C. / Gover, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic study of coenzyme, coenzyme analogue and substrate binding in 6-phosphogluconate dehydrogenase: implications for NADP specificity and the enzyme mechanism. 著者: Adams, M.J. / Ellis, G.H. / Gover, S. / Naylor, C.E. / Phillips, C. #1: ![]() タイトル: The Structure of 6-Phosphogluconate Dehydrogenase Refined at 2 Angstroms Resolution 著者: Phillips, C. / Gover, S. / Adams, M.J. #2: ![]() タイトル: The Structure of 6-Phosphogluconate Dehydrogenase Refined at 2.5 Angstroms Resolution 著者: Adams, M.J. / Gover, S. / Leaback, R. / Phillips, C. / Somers, D.O'N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 113.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 87.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 693.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 702.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 67 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52905.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: P00349, phosphogluconate dehydrogenase (NADP+-dependent, decarboxylating) | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NDP / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | THE NDP GROUP (NADPH) CARRIES A ---- CHARGE. | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.87 % |
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結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: Somers, D.O., (1991) Protein Expr. Purif., 2, 385. |
-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / Num. obs: 17995 / % possible obs: 92.2 % / Num. measured all: 46279 / Rmerge(I) obs: 0.067 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.17 / Rfactor obs: 0.17 / 最高解像度: 2.5 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.5 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.17 / Rfactor Rwork: 0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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