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- PDB-1pfe: Echinomycin-(gcgtacgc)2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pfe
タイトルEchinomycin-(gcgtacgc)2 complex
要素
  • 5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*C)-3'
  • ECHINOMYCIN
キーワードDNA/ANTIBIOTIC / BISINTERCALATOR / HOOGSTEEN BASEPAIR / DEPSIPEPTIDE / QUINOXALINE / THIOACETAL / ANTIBIOTIC / ANTITUMOR / DNA-ANTIBIOTIC COMPLEX
機能・相同性Echinomycin / 2-CARBOXYQUINOXALINE / : / DNA
機能・相同性情報
生物種STREPTOMYCES ECHINATUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Cuesta-Seijo, J.A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Structures of Complexes between Echinomycin and Duplex DNA.
著者: Cuesta-Seijo, J.A. / Sheldrick, G.M.
履歴
登録2003年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月14日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
改定 1.42012年12月12日Group: Other
改定 1.52024年4月3日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*C)-3'
B: ECHINOMYCIN
B: 2-CARBOXYQUINOXALINE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,6205
ポリマ－3,2372
非ポリマー3843
水1,44180
1
A: 5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*C)-3'
B: ECHINOMYCIN
ヘテロ分子

A: 5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*C)-3'
B: ECHINOMYCIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,24110
ポリマ－6,4734
非ポリマー7686
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_555-x,-x+y,-z1
Buried area730 Å2
ΔGint-6.4 kcal/mol
Surface area3960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.374, 39.374, 79.734
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2002-

HOH

21A-2013-

HOH

31A-2019-

HOH

41A-2024-

HOH

詳細The second part of the biological assembly is generated by: -x, -x+y, -z

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*C)-3'


分子量: 2427.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質・ペプチド ECHINOMYCIN / QUINOMYCIN A


タイプ: Cyclic depsipeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 809.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE. BICYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI, AND A THIOACETAL BOND BETWEEN RESIDUES 3 AND 7. THE TWO QUINOXALINE CHROMOPHORES ...詳細: ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE. BICYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI, AND A THIOACETAL BOND BETWEEN RESIDUES 3 AND 7. THE TWO QUINOXALINE CHROMOPHORES ARE LINKED TO THE D-SERINE RESIDUES, RESIDUES 1 AND 5.
由来: (天然) STREPTOMYCES ECHINATUS (バクテリア) / 参照: NOR: NOR01126, Echinomycin
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-QUI / 2-CARBOXYQUINOXALINE / キノキサリン-2-カルボン酸


タイプ: Cyclic depsipeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 174.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H6N2O2
詳細: ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE. BICYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI, AND A THIOACETAL BOND BETWEEN RESIDUES 3 AND 7. THE TWO QUINOXALINE CHROMOPHORES ...詳細: ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE. BICYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI, AND A THIOACETAL BOND BETWEEN RESIDUES 3 AND 7. THE TWO QUINOXALINE CHROMOPHORES ARE LINKED TO THE D-SERINE RESIDUES, RESIDUES 1 AND 5.
参照: Echinomycin
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE, A MEMBER OF THE QUINOXALINE CLASS OF ANTIBIOTICS. ...THE ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE, A MEMBER OF THE QUINOXALINE CLASS OF ANTIBIOTICS. HERE, ECHINOMYCIN IS REPRESENTED BY GROUPING TOGETHER THE SEQUENCE (SEQRES) AND TWO LIGANDS (HET) QUI.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.98 %
結晶化pH: 4.5
詳細: LI2SO4, MGCL2, METHANOL, NAAC, SPERMINE, PH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Li2SO411
2MgCl211
3Methanol11
4NaAc11
5Spermine11
6H2O11
7MgCl212

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8162
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月19日
放射モノクロメーター: TRIANGULAR MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8162 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→21 Å / Num. obs: 15164 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.91 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 30.01
反射 シェル解像度: 1.1→1.2 Å / 冗長度: 13.05 % / Rmerge(I) obs: 0.242 / Mean I/σ(I) obs: 11.48 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
EPMR位相決定
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: TROSTIN A - (GCGTACGC)2 COMPLEX

解像度: 1.1→21 Å / Num. parameters: 2979 / Num. restraintsaints: 2074 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0
StereochEM target val spec case: TARGETS FOR ECHINOMYCIN BUILT FROM THE CSD
立体化学のターゲット値: STANDARD SHELX FOR THE DNA, ENGH & HUBER FOR THE STANDARD PROTEIN PARTS OF ECHINOMYCIN, BUILT FROM THE CSD FOR THE REST
詳細: THE SKELETON OF ECHINOMYCIN IS NEARLY SYMMETRIC (NOT MODELLED TO DO SO), THE BRIDGE IS NOT. BOTH POSSIBLE ORIENTATIONS OF BINDING WERE OBSERVED, BUT SKELETON POSITIONS NEARLY OVERLAP, SO ONLY ...詳細: THE SKELETON OF ECHINOMYCIN IS NEARLY SYMMETRIC (NOT MODELLED TO DO SO), THE BRIDGE IS NOT. BOTH POSSIBLE ORIENTATIONS OF BINDING WERE OBSERVED, BUT SKELETON POSITIONS NEARLY OVERLAP, SO ONLY THE BRIDGE WAS MODELLED AS DISORDERED/MICROHETEROGENEITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.168 478 3 %THIN SHELLS
all0.146 15164 --
obs0.146 -97.2 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 7 / Occupancy sum hydrogen: 149 / Occupancy sum non hydrogen: 303
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数66 161 25 80 332
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.036
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.172
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.068
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.059
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.041
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps
LS精密化 シェル解像度: 1.1→1.2 Å / % reflection obs: 95.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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