[日本語] English
- PDB-1pdg: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PLATELET-DERIVED GROWTH FACTOR BB -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pdg
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PLATELET-DERIVED GROWTH FACTOR BB
要素PLATELET-DERIVED GROWTH FACTOR BB
キーワードGROWTH FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


metanephric glomerular mesangial cell development / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell dedifferentiation / positive regulation of metanephric mesenchymal cell migration / negative regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / platelet-derived growth factor complex / positive regulation of metanephric mesenchymal cell migration by platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / positive regulation of glomerular filtration / cellular response to mycophenolic acid / superoxide-generating NADPH oxidase activator activity / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation ...metanephric glomerular mesangial cell development / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell dedifferentiation / positive regulation of metanephric mesenchymal cell migration / negative regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / platelet-derived growth factor complex / positive regulation of metanephric mesenchymal cell migration by platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / positive regulation of glomerular filtration / cellular response to mycophenolic acid / superoxide-generating NADPH oxidase activator activity / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation / positive regulation of hyaluronan biosynthetic process / smooth muscle adaptation / platelet-derived growth factor binding / positive regulation of protein autophosphorylation / interleukin-18-mediated signaling pathway / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / Signaling by PDGF / positive regulation of chemotaxis / paracrine signaling / platelet-derived growth factor receptor binding / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / positive regulation of cell-substrate adhesion / positive regulation of smooth muscle cell migration / positive regulation of DNA biosynthetic process / positive regulation of calcium ion import / chemoattractant activity / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of MAP kinase activity / monocyte chemotaxis / positive regulation of cell division / Non-integrin membrane-ECM interactions / negative regulation of platelet activation / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / embryonic placenta development / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / collagen binding / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of mitotic nuclear division / Downstream signal transduction / negative regulation of miRNA transcription / reactive oxygen species metabolic process / platelet alpha granule lumen / peptidyl-tyrosine phosphorylation / cell chemotaxis / growth factor activity / cellular response to growth factor stimulus / positive regulation of miRNA transcription / response to wounding / Golgi lumen / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / Platelet degranulation / PIP3 activates AKT signaling / : / heart development / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / angiogenesis / basolateral plasma membrane / gene expression / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein phosphorylation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / endoplasmic reticulum lumen / protein heterodimerization activity / Golgi membrane / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Platelet-derived growth factor, N-terminal / Platelet-derived growth factor, N terminal region / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines ...Platelet-derived growth factor, N-terminal / Platelet-derived growth factor, N terminal region / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Platelet-derived growth factor subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Oefner, C. / Darcy, A.D. / Winkler, F.K. / Eggimann, B. / Hosnag, M.
引用ジャーナル: EMBO J. / : 1992
タイトル: Crystal structure of human platelet-derived growth factor BB.
著者: Oefner, C. / D'Arcy, A. / Winkler, F.K. / Eggimann, B. / Hosang, M.
履歴
登録1992年7月14日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PLATELET-DERIVED GROWTH FACTOR BB
B: PLATELET-DERIVED GROWTH FACTOR BB
C: PLATELET-DERIVED GROWTH FACTOR BB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9413
ポリマ-36,9413
非ポリマー00
00
1
A: PLATELET-DERIVED GROWTH FACTOR BB
B: PLATELET-DERIVED GROWTH FACTOR BB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6272
ポリマ-24,6272
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2160 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area11930 Å2
手法PISA
2
C: PLATELET-DERIVED GROWTH FACTOR BB

C: PLATELET-DERIVED GROWTH FACTOR BB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6272
ポリマ-24,6272
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)147.300, 31.800, 90.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.70, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 41 / 2: CIS PROLINE - PRO B 41 / 3: CIS PROLINE - PRO C 41
詳細CHAINS A AND B FORM A NON-CRYSTALLOGRAPHIC DISULFIDE LINKED DIMER. CHAIN C IS PART OF A CRYSTALLOGRAPHIC DISULFIDE LINKED DIMER. THE FOLLOWING MATRIX OPERATOR CAN BE USED TO GENERATE THE TWO FOLD RELATED MONOMER FOR THE C CHAIN: -1 0 0 0 1 0 0 0 -1

-
要素

#1: タンパク質 PLATELET-DERIVED GROWTH FACTOR BB


分子量: 12313.501 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01127
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.41 %
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
140 mg/mlprotein1drop
225 %isopropanol1reservoir
325 %PEG4001reservoir
4250 mM1reservoirCaCl2
520 mMHEPES1reservoir

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / Num. obs: 8544 / % possible obs: 99 % / Num. measured all: 24377 / Rmerge(I) obs: 0.061

-
解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 3→6 Å / σ(F): 3 /
Rfactor反射数
obs0.209 6172
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2037 0 0 0 2037
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d2.5
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 6172 / σ(F): 3 / Rfactor obs: 0.209
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.5

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る