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- PDB-1p9j: Solution structure and dynamics of the EGF/TGF-alpha chimera T1E -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p9j
タイトルSolution structure and dynamics of the EGF/TGF-alpha chimera T1E
要素chimera of Epidermal growth factor(EGF) and Transforming growth factor alpha (TGF-alpha)
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / chimera / EGF / TGF-alpha / ErbB1 / ErbB3 / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of hyaluronan biosynthetic process / negative regulation of secretion / negative regulation of cholesterol efflux / hepatocyte proliferation / positive regulation of epithelial tube formation / positive regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / positive regulation of protein localization to early endosome / regulation of protein localization to cell surface / cerebellar granule cell precursor proliferation / regulation of calcium ion import ...positive regulation of hyaluronan biosynthetic process / negative regulation of secretion / negative regulation of cholesterol efflux / hepatocyte proliferation / positive regulation of epithelial tube formation / positive regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / positive regulation of protein localization to early endosome / regulation of protein localization to cell surface / cerebellar granule cell precursor proliferation / regulation of calcium ion import / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / Cargo concentration in the ER / Developmental Lineage of Pancreatic Acinar Cells / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / COPII-mediated vesicle transport / epidermal growth factor receptor binding / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / positive regulation of DNA binding / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / PLCG1 events in ERBB2 signaling / ERBB2-EGFR signaling pathway / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / branching morphogenesis of an epithelial tube / Signaling by EGFR / ERBB2 Regulates Cell Motility / positive regulation of cell division / positive regulation of receptor internalization / Signaling by ERBB4 / PI3K events in ERBB2 signaling / positive regulation of phosphorylation / mammary gland alveolus development / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / GAB1 signalosome / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of endothelial cell proliferation / Signaling by ERBB2 / GRB2 events in EGFR signaling / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / SHC1 events in EGFR signaling / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of endothelial cell migration / GRB2 events in ERBB2 signaling / positive regulation of mitotic nuclear division / SHC1 events in ERBB2 signaling / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / guanyl-nucleotide exchange factor activity / platelet alpha granule lumen / EGFR downregulation / epithelial cell proliferation / positive regulation of epithelial cell proliferation / growth factor activity / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / ER to Golgi transport vesicle membrane / Constitutive Signaling by EGFRvIII / Downregulation of ERBB2 signaling / Signaling by ERBB2 ECD mutants / Signaling by ERBB2 KD Mutants / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / Clathrin-mediated endocytosis / Platelet degranulation / PIP3 activates AKT signaling / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / cytoplasmic vesicle / angiogenesis / basolateral plasma membrane / Estrogen-dependent gene expression / Extra-nuclear estrogen signaling / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / receptor ligand activity / lysosomal membrane / positive regulation of cell population proliferation / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Pro-epidermal growth factor / : / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / : / Calcium-binding EGF domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Laminin ...Pro-epidermal growth factor / : / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / : / Calcium-binding EGF domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Laminin / Laminin / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pro-epidermal growth factor / Protransforming growth factor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry, brief molecular dynamics run in water.
データ登録者Wingens, M. / Walma, T. / Van Ingen, H. / Stortelers, C. / Van Leeuwen, J.E. / Van Zoelen, E.J. / Vuister, G.W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Structural Analysis of an Epidermal Growth Factor/Transforming Growth Factor-alpha Chimera with Unique ErbB Binding Specificity.
著者: Wingens, M. / Walma, T. / Van Ingen, H. / Stortelers, C. / Van Leeuwen, J.E. / Van Zoelen, E.J. / Vuister, G.W.
履歴
登録2003年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年2月5日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: chimera of Epidermal growth factor(EGF) and Transforming growth factor alpha (TGF-alpha)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,3391
ポリマ－6,3391
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)36 / 98structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 chimera of Epidermal growth factor(EGF) and Transforming growth factor alpha (TGF-alpha)


分子量: 6339.224 Da / 分子数: 1 / 断片: TGF-alpha (residues 1-7), EGF (residues 8-54) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGF-alpha and EGF / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33 / 参照: UniProt: P01135, UniProt: P01133
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1213D 15N-separated NOESY

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試料調製

詳細内容: 0.8mM T1E, 15N-labelled, 50mM phosphate buffer, 95% H20, 5%D20, pH 6.3, 20ug/mL pefabloc
溶媒系: 95% H20, 5%D20, pH 6.3
試料状態イオン強度: 50 / pH: 6.3 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe203Delaglio, F.解析
X-PLOR3.851Brunger, A.精密化
CHARMM22MacKerell, A.D.精密化
精密化手法: distance geometry, brief molecular dynamics run in water.
ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on 660 are NOE-derived distance constraints, 98 dihedral angle restraints, and 9 distance restraints from hydrogen bonds.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 98 / 登録したコンフォーマーの数: 36

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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