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万見
- PDB-1p8c: Crystal structure of TM1620 (APC4843) from Thermotoga maritima -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p8c
タイトルCrystal structure of TM1620 (APC4843) from Thermotoga maritima
要素conserved hypothetical protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Conserved hypothetical protein / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxiredoxin activity / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Alkylhydroperoxidase AhpD core / AhpD-like / Carboxymuconolactone decarboxylase-like / AhpD-like / Carboxymuconolactone decarboxylase family / AhpD-like / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Carboxymuconolactone decarboxylase-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kim, Y. / Joachimiak, A. / Brunzelle, J.S. / Korolev, S.V. / Edwards, A. / Xu, X. / Savchenko, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure Analysis of Thermotoga maritima protein TM1620 (APC4843)
著者: Kim, Y. / Joachimiak, A. / Brunzelle, J.S. / Korolev, S.V. / Edwards, A. / Xu, X. / Savchenko, A.
履歴
登録2003年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_remark / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_remark.text / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 6 CHAINS. ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 6 CHAINS. THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: conserved hypothetical protein
B: conserved hypothetical protein
C: conserved hypothetical protein
D: conserved hypothetical protein
E: conserved hypothetical protein
F: conserved hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,1436
ポリマ－99,1436
非ポリマー00
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19520 Å2
ΔGint-154 kcal/mol
Surface area26710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.819, 82.541, 135.397
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
conserved hypothetical protein / TM1620 (APC4843)


分子量: 16523.871 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1V5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.68 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: potassium citrate, PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-ID10.97942
シンクロトロンAPS 19-ID20.97945, 0.97952, 0.954
検出器
タイプID検出器日付詳細
SBC-21CCD2002年9月2日mirror
SBC-22CCD2002年11月10日mirror
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1double crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2double crystalMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979421
20.979451
30.979521
40.9541
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 39155 / Num. obs: 39155 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 3655 / % possible all: 90.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
d*TREKデータ削減
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
ARP/wARPV. 6.0モデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→48.1 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 153151.96 / Data cutoff high rms absF: 153151.96 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29 3051 10 %RANDOM
Rwork0.225 ---
all0.2311 30380 --
obs0.225 30380 90.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.7314 Å2 / ksol: 0.329463 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 62.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.34 Å20 Å20 Å2
2---5.72 Å20 Å2
3---4.38 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.42 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5548 0 0 87 5635
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.94
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it6.961.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it11.072
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it9.972
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it152.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 460 10.7 %
Rwork0.296 3827 -
obs--78.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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