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- PDB-7kd9: Crystal Structure of Gallic Acid Decarboxylase from Arxula adenin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kd9
タイトルCrystal Structure of Gallic Acid Decarboxylase from Arxula adeninivorans
要素Gallate decarboxylase
キーワードLYASE / Decarboxylase
機能・相同性SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / NTF2-like domain superfamily / : / ARAD1C45716p
機能・相同性情報
生物種Blastobotrys adeninivorans (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Zeug, M. / Markovic, N. / Iancu, C.V. / Tripp, J. / Oreb, M. / Choe, J.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Crystal structures of non-oxidative decarboxylases reveal a new mechanism of action with a catalytic dyad and structural twists.
著者: Zeug, M. / Markovic, N. / Iancu, C.V. / Tripp, J. / Oreb, M. / Choe, J.Y.
履歴
登録2020年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gallate decarboxylase
B: Gallate decarboxylase
C: Gallate decarboxylase
D: Gallate decarboxylase
E: Gallate decarboxylase
F: Gallate decarboxylase
G: Gallate decarboxylase
H: Gallate decarboxylase
I: Gallate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,29512
ポリマ－245,1789
非ポリマー1173
水13,709761
1
A: Gallate decarboxylase
B: Gallate decarboxylase
D: Gallate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,7654
ポリマ－81,7263
非ポリマー391
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10310 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area23890 Å2
手法PISA
2
C: Gallate decarboxylase
E: Gallate decarboxylase
F: Gallate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,7654
ポリマ－81,7263
非ポリマー391
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10100 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area24370 Å2
手法PISA
3
G: Gallate decarboxylase
H: Gallate decarboxylase
I: Gallate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,7654
ポリマ－81,7263
非ポリマー391
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10030 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area24890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.632, 265.301, 93.728
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質
Gallate decarboxylase / ARAD1C45716p


分子量: 27241.947 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Blastobotrys adeninivorans (菌類) / 遺伝子: AGDC1, GNLVRS02_ARAD1C45716g / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A060TAG5
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 761 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.75 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: PEG 3350, KSCN, MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-BM-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→50 Å / Num. obs: 168891 / % possible obs: 99.51 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 33.46 Å2 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 1.94→2 Å / 冗長度: 4.2 % / Num. unique obs: 16310 / Rsym value: 0.902 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-3000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7jmr

7jmr


解像度: 1.94→46.61 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2375 8291 4.91 %
Rwork0.191 160518 -
obs0.1933 168809 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 168.44 Å2 / Biso mean: 50.2847 Å2 / Biso min: 16.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.94→46.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16819 0 3 761 17583
Biso mean--27.05 43.81 -
残基数----2027
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.94-1.960.33452400.29264921516192
1.96-1.980.3432890.28115247553699
1.98-2.010.30722240.26853265550100
2.01-2.030.31942700.2653175587100
2.03-2.060.29612630.243952775540100
2.06-2.090.30562530.233553525605100
2.09-2.120.26132890.233552765565100
2.12-2.150.26722360.235854085644100
2.15-2.180.27922380.239653755613100
2.18-2.220.29262810.224152995580100
2.22-2.260.25373330.218152405573100
2.26-2.30.23672820.212453095591100
2.3-2.340.263300.21655261559199
2.34-2.390.29062590.209552945553100
2.39-2.440.24472410.208753665607100
2.44-2.50.26242610.20253365597100
2.5-2.560.28452910.20553605651100
2.56-2.630.29382760.209553365612100
2.63-2.710.25413120.204353375649100
2.71-2.80.25162460.199953805626100
2.8-2.90.27892920.209853695661100
2.9-3.010.27122840.206553555639100
3.01-3.150.2392690.19854125681100
3.15-3.320.22852720.190953925664100
3.32-3.520.22892950.189953975692100
3.52-3.790.2263150.174653915706100
3.8-4.180.2143040.157654075711100
4.18-4.780.16982750.14754905765100
4.78-6.020.22722780.158655325810100
6.02-46.610.19652930.181757566049100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 98.0768 Å / Origin y: 38.0882 Å / Origin z: 56.9198 Å
111213212223313233
T0.1977 Å20.0061 Å2-0.0381 Å2-0.212 Å20.0648 Å2--0.1841 Å2
L0.2611 °20.1466 °2-0.1138 °2-0.3347 °20.1014 °2--0.1287 °2
S-0.0215 Å °-0.0092 Å °-0.0475 Å °0.0173 Å °-0.0354 Å °-0.0381 Å °0.024 Å °0.0035 Å °-0.0189 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 231
2X-RAY DIFFRACTION1allB6 - 230
3X-RAY DIFFRACTION1allC5 - 231
4X-RAY DIFFRACTION1allD6 - 231
5X-RAY DIFFRACTION1allE11 - 229
6X-RAY DIFFRACTION1allF6 - 230
7X-RAY DIFFRACTION1allG6 - 231
8X-RAY DIFFRACTION1allH9 - 230
9X-RAY DIFFRACTION1allI5 - 230
10X-RAY DIFFRACTION1allJ1 - 3
11X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 761

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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