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- PDB-1p6w: Crystal structure of barley alpha-amylase isozyme 1 (AMY1) in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p6w
タイトルCrystal structure of barley alpha-amylase isozyme 1 (AMY1) in complex with the substrate analogue, methyl 4I,4II,4III-tri-thiomaltotetraoside (thio-DP4)
要素PROTEIN (Alpha-amylase type A isozyme)
キーワードHYDROLASE / ALPHA-AMYLASE / BARLEY / ISOZYME 1 / BETA-ALPHA-BARREL / SUGAR TONGS BINDING SITE / SUBSTRATE ANALOGUE
機能・相同性
機能・相同性情報


starch catabolic process / alpha-amylase / alpha-amylase activity / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Alpha-amylase, C-terminal beta-sheet / Alpha-amylase, plant / Alpha-amylase C-terminal beta-sheet domain / Alpha-amylase C-terminal beta-sheet domain / Alpha amylase / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta ...Alpha-amylase, C-terminal beta-sheet / Alpha-amylase, plant / Alpha-amylase C-terminal beta-sheet domain / Alpha-amylase C-terminal beta-sheet domain / Alpha amylase / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-amylase type A isozyme
類似検索 - 構成要素
生物種Hordeum vulgare (オオムギ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Robert, X. / Haser, R. / Aghajari, N.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: The structure of barley alpha-amylase isozyme 1 reveals a novel role of domain C in substrate recognition and binding: a pair of sugar tongs
著者: Robert, X. / Haser, R. / Gottschalk, T.E. / Ratajczak, F. / Driguez, H. / Svensson, B. / Aghajari, N.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Expression, purification and preliminary crystallographic studies of alpha-amylase isozyme 1 from barley seeds
著者: Robert, X. / Gottschalk, T.E. / Haser, R. / Svensson, B. / Aghajari, N.
履歴
登録2003年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999SEQUENCE According to the authors there is an error in Swissprot database, corrected by the ...SEQUENCE According to the authors there is an error in Swissprot database, corrected by the examination of the crystal structure

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (Alpha-amylase type A isozyme)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2468
ポリマ－44,6401
非ポリマー1,6067
水11,548641
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.430, 72.100, 60.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (Alpha-amylase type A isozyme) / 1 / 4-alpha-D-glucan glucanohydrolase / AMY1 / Low pI alpha-amylase


分子量: 44640.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hordeum vulgare (オオムギ) / 遺伝子: AMY1.1 / プラスミド: pHIL-D2 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: P00693, alpha-amylase
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-4-thio-beta-D-glucopyranose-(1-4)-4-thio-beta-D-glucopyranose-(1-4)- ...beta-D-glucopyranose-(1-4)-4-thio-beta-D-glucopyranose-(1-4)-4-thio-beta-D-glucopyranose-(1-4)-methyl 4-thio-beta-D-glucopyranoside


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 728.800 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_1*OC][a2122h-1b_1-5]/1-2-2-2/a4-b1*S*_b4-c1*S*_c4-d1*S*WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][methyl]{[(1+1)][b-D-Glcp4SH]{[(4+S)][a-D-Glcp4SH]{[(4+S)][a-D-Glcp4SH]{[(4+S)][b-D-Glcp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-4-thio-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 358.362 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a4-b1*S*WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp4SH]{[(4+S)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 641 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.42 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: PEG 8000, ISOPROPANOL, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年10月26日 / 詳細: Osmic mirrors
放射モノクロメーター: Osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→46.6 Å / Num. all: 27556 / Num. obs: 27556 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 12.01 Å2 / Rsym value: 0.124 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.476 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HT6

1ht6


解像度: 2→46.52 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1883521.05 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 2733 10 %RANDOM
Rwork0.17 ---
obs0.17 27360 96 %-
all-27360 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.4717 Å2 / ksol: 0.352133 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 12.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.46 Å20 Å20 Å2
2--0.62 Å20 Å2
3---0.84 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→46.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3140 0 96 641 3877
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.891.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.252
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.522
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.172.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 412 9.4 %
Rwork0.208 3990 -
obs-3990 94.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4CARBOHYDRATE.MOD.PARAMCARBOHYDRATE.MOD.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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