+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ht6 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYSTAL STRUCTURE AT 1.5A RESOLUTION OF THE BARLEY ALPHA-AMYLASE ISOZYME 1 | ||||||
要素 | ALPHA-AMYLASE ISOZYME 1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / BARLEY / ALPHA-AMYLASE / ISOZYME 1 / BETA-ALPHA-BARREL | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 starch catabolic process / alpha-amylase / alpha-amylase activity / calcium ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Hordeum vulgare (オオムギ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Robert, X. / Haser, R. / Aghajari, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2003 タイトル: The structure of barley alpha-amylase isozyme 1 reveals a novel role of domain C in substrate recognition and binding: a pair of sugar tongs 著者: Robert, X. / Haser, R. / Gottschalk, T.E. / Ratajczak, F. / Driguez, H. / Svensson, B. / Aghajari, N. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994 タイトル: Crystal and molecular structure of barley alpha-amylase 著者: Kadziola, A. / Abe, J. / Svensson, B. / Haser, R. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ht6.cif.gz | 115.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1ht6.ent.gz | 86.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ht6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ht6_validation.pdf.gz | 425.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1ht6_full_validation.pdf.gz | 428.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ht6_validation.xml.gz | 24.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ht6_validation.cif.gz | 41.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/1ht6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/1ht6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44640.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hordeum vulgare (オオムギ) / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P00693, alpha-amylase | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.69 % | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: PEG 8000, ISOPROPANOL, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Robert, X., (2002) Acta Crystallogr., D58, 683. | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9761 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年5月17日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9761 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→41.6 Å / Num. all: 271695 / Num. obs: 63366 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 6.2 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 11.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 13.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.54 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Num. unique all: 4566 / % possible all: 97.3 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 271695 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.5 Å / % possible obs: 97.3 % |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: AMY1 structure solved at 2.0A resolution (unpublished results) 解像度: 1.5→41.56 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 1597709.14 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 6.2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: THE C-TERMINAL RESIDUE ASN 405 WAS NOT SEEN IN DENSITY. RESIDUES 406 TO 414 WERE NOT LOCATED IN THE STRUCTURE BECAUSE OF THEIR INTENTIONAL TRUNCATION DURING THE MOLECULAR BIOLOGY ENGINEERING.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.01 Å2 / ksol: 0.326 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→41.56 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 41.6 Å / % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 1.54 Å |