PDB-1p68: Solution structure of S-824, a de novo designed four helix bundle

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1p68

タイトル

Solution structure of S-824, a de novo designed four helix bundle

要素

De novo designed protein S-824

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Protein / four helix bundle / de novo design

機能・相同性

Designed four-helix bundle protein / hypothetical protein mp506/mpn330, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Wei, Y. / Kim, S. / Fela, D. / Baum, J. / Hecht, M.H.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2003
タイトル: Solution structure of a de novo protein from a designed combinatorial library.
著者: Wei, Y. / Kim, S. / Fela, D. / Baum, J. / Hecht, M.H.

履歴

登録	2003年4月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年11月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1p68.cif.gz	481.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1p68.ent.gz	401.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1p68.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1p68_validation.pdf.gz	341.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1p68_full_validation.pdf.gz	481.1 KB	表示
XML形式データ	1p68_validation.xml.gz	50.9 KB	表示
CIF形式データ	1p68_validation.cif.gz	66.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/1p68 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/1p68	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2yx8-d 6dg6-5 2qff-d 2a3d-d 2xvt-3 3aqe-5 2xvt-8 4umg-d 4hun-3 6h9t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 5687chemical shift assignment of S-824

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: De novo designed protein S-824

11.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	15 / 100	back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
代表モデル	モデル #7	lowest energy

#1: タンパク質	De novo designed protein S-824 分子量: 11949.376 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pET3a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY
1	3	1	HNHA

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 3D heteronuclear techniques.

-
試料調製

詳細	内容: 50mM Acetate buffer / 溶媒系: 92% H2O, 8% D2O
試料状態	イオン強度: 50mM / pH: 4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS	1.1	Brunger	構造決定
CNS	1.1	Brunger	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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