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- PDB-1p5y: The structures of host range controlling regions of the capsids o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p5y
タイトルThe structures of host range controlling regions of the capsids of canine and feline parvoviruses and mutants
要素Coat protein VP2
キーワードVIRUS / parvovirade / CPV / FPV / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont entry into host cell via permeabilization of host membrane / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / T=1 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Empty Capsid Viral Protein 2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein VP1 / Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Canine parvovirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Agbandje-McKenna, M. / Govindasamy, L.
引用
ジャーナル: J.Virol. / 年: 2003
タイトル: Structures of host range-controlling regions of the capsids of canine and feline parvoviruses and mutants.
著者: Govindasamy, L. / Hueffer, K. / Parrish, C.R. / Agbandje-McKenna, M.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1991
タイトル: The three-dimensional structure of canine parvovirus and its functional implications
著者: Tsao, J. / Chapman, M.S. / Agbandje, M. / Keller, W. / Smith, K. / Wu, H. / Luo, M. / Smith, T.J. / Rossmann, M.G. / Compans, R.W. / Parrish, C.R.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1992
タイトル: Structure determination of monoclinic canine parvovirus
著者: Tsao, J. / Chapman, M.S. / Wu, H. / Agbandje, M. / Keller, W. / Rossmann, M.G.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: The canine parvovirus empty capsid structure
著者: Wu, H. / Rossmann, M.G.
履歴
登録2003年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type
Remark 999SEQUENCE AUTHORS STATE THE DENSITY AT POSITION 60 IS FOR GLU, NOT TYR.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Coat protein VP2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5641
ポリマ－61,5641
非ポリマー00
水1,17165
1
A: Coat protein VP2
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,693,86460
ポリマ－3,693,86460
非ポリマー00
水1,08160
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Coat protein VP2
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 308 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)307,8225
ポリマ－307,8225
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Coat protein VP2
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 369 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)369,3866
ポリマ－369,3866
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: Coat protein VP2
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 3.69 MDa, 60 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,693,86460
ポリマ－3,693,86460
非ポリマー00
水1,08160
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation59
単位格子
Length a, b, c (Å)440.450, 246.810, 443.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.54, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
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46generate(0.84606927, -0.06641333, -0.52891972), (-0.50053803, -0.44030139, -0.74538337), (-0.1833807, 0.89539039, -0.40576787)73.20327, 130.62018, 172.70531
47generate(0.3056563, -0.86375219, -0.40063247), (-0.86375219, -0.42858787, 0.26503696), (-0.40063247, 0.26503696, -0.87706843)111.38289, 54.41047, 245.68804
48generate(-0.02576195, -0.85811353, 0.51281331), (-0.48994274, 0.45798709, 0.74175733), (-0.87137388, -0.23214004, -0.43222513)42.78395, -34.32682, 242.22976
49generate(0.30982327, -0.05728978, 0.94906661), (0.10429837, 0.99420702, 0.0259664), (-0.94505629, 0.09094111, 0.3140037)-37.79215, -12.95978, 167.10969
50generate(0.84864459, 0.43200785, 0.30524019), (0.09775012, 0.43903421, -0.8931371), (-0.51985312, 0.78779324, 0.33035519)-18.99197, 88.98308, 124.14122
51generate(0.0195184, 0.92014065, -0.39110129), (0.40864545, 0.34966793, 0.8430547), (0.91248448, -0.17627684, -0.36918633)138.03418, -132.48893, 62.5775
52generate(-0.23604548, 0.17219739, -0.95636321), (0.85636216, 0.50200476, -0.12097549), (0.45926722, -0.84754898, -0.26595928)225.08307, -69.57374, 95.07753
53generate(-0.79680386, -0.42301816, -0.43146176), (0.57726803, -0.32197949, -0.75039378), (0.17850836, -0.84698574, 0.50074936)221.51532, 26.82493, 37.7482
54generate(-0.88780772, -0.04293834, 0.4582071), (-0.04293834, -0.98356659, -0.17536549), (0.4582071, -0.17536549, 0.87137432)132.26145, 23.48738, -30.1833
55generate(-0.38329282, 0.78717945, 0.48315124), (-0.14715283, -0.56846566, 0.80943983), (0.91182929, 0.2391554, 0.33372449)80.66726, -74.97399, -14.83795
56generate(-0.49325662, -0.86984762, -0.00793898), (0.84851641, -0.48313084, 0.21588075), (-0.19161892, 0.09974826, 0.97638746)145.44455, -105.94406, 21.15421
57generate(-0.38329282, -0.14715283, 0.91182929), (0.78717945, -0.56846566, 0.2391554), (0.48315124, 0.80943983, 0.33372449)33.41623, -102.57117, 26.66424
58generate(0.29469233, 0.75518822, 0.58553154), (0.75518822, -0.55950211, 0.34153791), (0.58553154, 0.34153791, -0.73519023)3.74339, -110.75913, 134.57421
59generate(0.6037464, 0.59017087, -0.53589983), (0.7967535, -0.46862751, 0.38153913), (-0.02596412, -0.65733295, -0.75315288)97.4329, -119.19244, 195.75622
60generate(0.11676717, -0.41415651, -0.90268478), (0.8544335, -0.42142747, 0.30387874), (-0.50626952, -0.80676717, 0.3046603)185.00903, -116.21657, 125.65881

-
要素

#1: タンパク質 Coat protein VP2


分子量: 61564.398 Da / 分子数: 1 / 断片: SEQUENCE DATABASE RESIDUES 190-737 / 変異: N93D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canine parvovirus (ウイルス) / 属: Parvovirus / 生物種: Feline panleukopenia virus
細胞株 (発現宿主): NLFK Nordisk Laboratory feline kidney
参照: UniProt: P30129, UniProt: P17455*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 15

-
試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG8000, CaCl2, Tris.HCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
11 %PEG80001reservoir
28 mM1reservoirCaCl2
320 mMTris-HCl1reservoirpH7.2

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
41
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: 0.2 collimator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→25 Å / Num. obs: 474357 / % possible obs: 61.2 % / Rsym value: 0.143
反射 シェル解像度: 3.2→3.6 Å / Num. unique all: 42698 / Rsym value: 0.258 / % possible all: 55.25
反射
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å / 最低解像度: 25 Å / % possible obs: 70.5 % / Rmerge(I) obs: 0.143
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å / 最低解像度: 3.31 Å / % possible obs: 54.8 % / Rmerge(I) obs: 0.297

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→25 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rfree0.253 -
Rwork0.252 -
obs-474357
原子変位パラメータBiso mean: 37.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4328 0 0 65 4393
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.52
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.6 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 --
Rwork0.272 --
obs-474357 55.25 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 8508415 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.52
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å / 最低解像度: 3.6 Å

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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