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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1p4p | ||||||
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タイトル | Outer Surface Protein B of B. burgdorferi: crystal structure of the C-terminal fragment | ||||||
要素 | Outer surface protein B | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / INTERMOLECULAR BETA SHEET / EXTENDED BETA SHEET | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Borrelia burgdorferi (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Becker, M. / Bunikis, J. / Lade, B.D. / Dunn, J.J. / Barbour, A.G. / Lawson, C.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005 タイトル: Structural Investigation of Borrelia burgdorferi OspB, a BactericidalFab Target. 著者: Becker, M. / Bunikis, J. / Lade, B.D. / Dunn, J.J. / Barbour, A.G. / Lawson, C.L. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1p4p.cif.gz | 41.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1p4p.ent.gz | 28.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1p4p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1p4p_validation.pdf.gz | 417.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1p4p_full_validation.pdf.gz | 420 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1p4p_validation.xml.gz | 9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1p4p_validation.cif.gz | 11.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/1p4p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/1p4p | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15653.579 Da / 分子数: 1 / 断片: OspB C-terminal fragment / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Borrelia burgdorferi (バクテリア) 遺伝子: OSPB / プラスミド: pET9c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL2(DE3)/pLysS / 参照: UniProt: P17739 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.05 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: PEG550MME, Bicine, sodium bromide, sodium citrate, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 283 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 0.979, 1.073 | |||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年3月1日 / 詳細: focusing mirror | |||||||||
放射 | モノクロメーター: two-crystal Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 9012 / Num. obs: 8090 / % possible obs: 89.8 % / Observed criterion σ(F): -10 / Observed criterion σ(I): -10 / 冗長度: 23.7 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 34.1 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / Rmerge(I) obs: 0.206 / Mean I/σ(I) obs: 12.6 / % possible all: 77.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1OSP 解像度: 2→30 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Used CNS for simulated annealing, followed by conjugate gradient minimization against the maximum likelihood function. Then ran Refmac, and followed with 1 step of B-factor refinement in CNS. ...詳細: Used CNS for simulated annealing, followed by conjugate gradient minimization against the maximum likelihood function. Then ran Refmac, and followed with 1 step of B-factor refinement in CNS. The loop from residue 218 to residue 221 (LYS ASP GLY LYS) is poorly ordered (is not clearly defined in the density).
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原子変位パラメータ | Biso mean: 32.3 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.247 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
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拘束条件 |
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