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万見
- PDB-2ls8: Solution structure of human C-type lectin domain family 4 member D -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ls8
タイトルSolution structure of human C-type lectin domain family 4 member D
要素C-type lectin domain family 4 member D
キーワードIMMUNE SYSTEM / STRUCTURAL GENOMICS / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / PSI-Biology
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of myeloid dendritic cell activation / T cell differentiation involved in immune response / antifungal innate immune response / Fc-gamma receptor signaling pathway / immunoglobulin receptor binding / pattern recognition receptor activity / Dectin-2 family / D-mannose binding / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane ...positive regulation of myeloid dendritic cell activation / T cell differentiation involved in immune response / antifungal innate immune response / Fc-gamma receptor signaling pathway / immunoglobulin receptor binding / pattern recognition receptor activity / Dectin-2 family / D-mannose binding / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane / specific granule membrane / carbohydrate binding / adaptive immune response / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / Neutrophil degranulation / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD209-like, C-type lectin-like domain / : / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold ...CD209-like, C-type lectin-like domain / : / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C-type lectin domain family 4 member D
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulating annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Harris, R. / Gaudette, J. / Bandaranayake, A.D. / Banu, R. / Bonanno, J.B. / Calarese, D.A. / Celikgil, A. / Chamala, S. / Chan, M.K. / Chaparro, R. ...Harris, R. / Gaudette, J. / Bandaranayake, A.D. / Banu, R. / Bonanno, J.B. / Calarese, D.A. / Celikgil, A. / Chamala, S. / Chan, M.K. / Chaparro, R. / Evans, B. / Garforth, S. / Gizzi, A. / Hillerich, B. / Kar, A. / Lafleur, J. / Lim, S. / Love, J. / Matikainen, B. / Patel, H. / Seidel, R.D. / Smith, B. / Stead, M. / Girvin, M.E. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of human C-type lectin domain family 4 member D
著者: Harris, R. / Gaudette, J. / Bandaranayake, A.D. / Banu, R. / Bonanno, J.B. / Calarese, D.A. / Celikgil, A. / Chamala, S. / Chan, M.K. / Chaparro, R. / Evans, B. / Garforth, S. / Gizzi, A. / ...著者: Harris, R. / Gaudette, J. / Bandaranayake, A.D. / Banu, R. / Bonanno, J.B. / Calarese, D.A. / Celikgil, A. / Chamala, S. / Chan, M.K. / Chaparro, R. / Evans, B. / Garforth, S. / Gizzi, A. / Hillerich, B. / Kar, A. / Lafleur, J. / Lim, S. / Love, J. / Matikainen, B. / Patel, H. / Seidel, R.D. / Smith, B. / Stead, M. / Girvin, M.E. / Almo, S.C.
履歴
登録2012年4月23日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-type lectin domain family 4 member D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6111
ポリマ－18,6111
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 10020 structures for lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 C-type lectin domain family 4 member D / C-type lectin superfamily member 8 / C-type lectin-like receptor 6 / CLEC-6


分子量: 18610.725 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 84-215 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLEC4D, CLECSF8, MCL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8WXI8
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N HSQC
12115N NOESY-HSQC
13213C CT-HSQC
142aromatic 13C CT-HSQC
15213C NOESY-HSQC
16213C aromatic NOESY-HSQC
171HNCO
181HN(CA)CO
191HNCA
1101HN(CO)CA
1111HN(CA)CB
1121CBCA(CO)NH

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-13C; U-15N] C-type lectin, 10 mM sodium acetate, 0.1 mM EDTA, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-13C; U-15N] C-type lectin, 10 mM sodium acetate, 0.1 mM EDTA, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMC-type lectin-1[U-13C; U-15N]1
10 mMsodium acetate-21
0.1 mMEDTA-31
1 mMC-type lectin-4[U-13C; U-15N]2
10 mMsodium acetate-52
0.1 mMEDTA-62
試料状態イオン強度: 10 / pH: 4.5 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian InovaVarianINOVA6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CCPN2.1.5CCPNchemical shift assignment
CCPN2.1.5CCPNpeak picking
CNS1.21Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNS1.21Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
NMRPipe5.4Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
VnmrJ2.2DVariancollection
TopSpinBruker Biospincollection
MddNMR2Orekhov, Jaravine, Kazimierczukcollection
MddNMR2Orekhov, Jaravine, Kazimierczuk解析
MDDGUI1Lemak, Gutmanas, Chitayat, Karra, Fares, Sunnerhagen, Arrowsmithcollection
MDDGUI1Lemak, Gutmanas, Chitayat, Karra, Fares, Sunnerhagen, Arrowsmith解析
精密化手法: simulating annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Refinement in a box of water
NMR constraintsNOE constraints total: 2310 / NOE intraresidue total count: 668 / NOE long range total count: 671 / NOE medium range total count: 349 / NOE sequential total count: 558 / Disulfide bond constraints total count: 9 / Hydrogen bond constraints total count: 72 / Protein other angle constraints total count: 6 / Protein phi angle constraints total count: 81 / Protein psi angle constraints total count: 80
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: 20 structures for lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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