+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1p46 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | T4 lysozyme core repacking mutant M106I/TA | ||||||
![]() | LYSOZYME | ||||||
![]() | HYDROLASE / HYDROLASE (O-GLYCOSYL) / T4 LYSOZYME / DESIGNED CORE MUTANT / AUTOMATED PROTEIN DESIGN / PROTEIN ENGINEERING / PROTEIN FOLDING / PROTEIN STABILITY / CORE REPACKING / BACK REVERTANT / DEAD-END ELIMINATION THEOREM / SIDE-CHAIN PACKING / OPTIMIZED ROTAMER COMBINATIONS / ORBIT | ||||||
機能・相同性 | ![]() viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mooers, B.H. / Datta, D. / Baase, W.A. / Zollars, E.S. / Mayo, S.L. / Matthews, B.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Repacking the Core of T4 lysozyme by automated design 著者: Mooers, B.H. / Datta, D. / Baase, W.A. / Zollars, E.S. / Mayo, S.L. / Matthews, B.W. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 53.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 36.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 435.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 439.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1p2lC ![]() 1p2rC ![]() 1p36C ![]() 1p37C ![]() 1p3nC ![]() 1p64C ![]() 1p6yC ![]() 1p7sC ![]() 1pqdC ![]() 1pqiC ![]() 1pqjC ![]() 1pqkC ![]() 1pqmC ![]() 1pqoC ![]() 1l63S C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18610.324 Da / 分子数: 1 / 変異: C54T, C97A, M106I / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / プラスミド: PHS1403 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-K / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-HED / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: Potassium/Sodium Phosphate, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Eriksson, A.E., (1993) J.Mol.Biol., 229, 747. / PH range low: 7.1 / PH range high: 6.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年7月25日 / 詳細: Mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.67→14.3 Å / Num. all: 22785 / Num. obs: 22785 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 19.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 9.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.67→1.76 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.191 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 2922 / Rsym value: 0.191 / % possible all: 96.9 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.046 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 84 % |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1L63 解像度: 1.67→16 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT 詳細: The working set and test set were not combined during the final cycle of refinement.
| ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: TNT / Bsol: 0.85 Å2 / ksol: 265.482 e/Å3 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.67→16 Å
| ||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: t_angle_deg / Dev ideal: 2.3 |