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- PDB-1pqk: Repacking of the Core of T4 Lysozyme by Automated Design -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pqk
タイトルRepacking of the Core of T4 Lysozyme by Automated Design
要素Lysozyme
キーワードHYDROLASE / HYDROLASE (O-GLYCOSYL) / T4 LYSOZYME / DESIGNED CORE MUTANT / AUTOMATED PROTEIN DESIGN / PROTEIN ENGINEERING / PROTEIN FOLDING / PROTEIN STABILITY / CORE REPACKING / BACK REVERTANT / DEAD-END ELIMINATION THEOREM / SIDE-CHAIN PACKING / OPTIMIZED ROTAMER COMBINATIONS / ORBIT
機能・相同性
機能・相同性情報


viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Mooers, B.H. / Datta, D. / Baase, W.A. / Zollars, E.S. / Mayo, S.L. / Matthews, B.W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Repacking the Core of T4 Lysozyme by Automated Design
著者: Mooers, B.H. / Datta, D. / Baase, W.A. / Zollars, E.S. / Mayo, S.L. / Matthews, B.W.
履歴
登録2003年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysozyme
B: Lysozyme
C: Lysozyme


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1193
ポリマ－56,1193
非ポリマー00
水6,341352
1
A: Lysozyme


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7061
ポリマ－18,7061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lysozyme


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7061
ポリマ－18,7061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Lysozyme


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7061
ポリマ－18,7061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)156.230, 67.280, 61.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.43, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Lysozyme / Lysis protein / Muramidase / Endolysin


分子量: 18706.410 Da / 分子数: 3
変異: C54T, G77A, I78V, C97A, L118I, M120Y, L133F, V149I, T152V
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: E / プラスミド: PHS1403 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RR1 / 参照: UniProt: P00720, lysozyme
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 352 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.9 %
結晶化温度: 277 K / pH: 6.7
詳細: Potassium phosphate, sodium PHOSPHATE, NaCl, BME, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 6.70
結晶化
*PLUS
pH: 6.7 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
125 %PEG34001reservoir
25 %PEG6001reservoir
3200 mM1reservoirNaCl
4100 mMsodium potassium phosphate1reservoirpH6.7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→23.702 Å / Num. obs: 40412 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 20.378 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.188 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Rsym value: 0.188 / % possible all: 95.2
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
TNT精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
TNT位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→72.5 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 986 0.02 %RANDOM
Rwork0.177 ---
all0.18 38780 --
obs0.18 38780 --
溶媒の処理溶媒モデル: TNT / Bsol: 292.675 Å2 / ksol: 0.93407 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→72.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3956 0 0 352 4308
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.184
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Rfactor Rwork: 0.186
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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