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万見
- PDB-1p3w: X-ray crystal structure of E. coli IscS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p3w
タイトルX-ray crystal structure of E. coli IscS
要素Cysteine desulfurase
キーワードLYASE / iron sulfur cluster / Nifs / CsdB
機能・相同性
機能・相同性情報


IscS-TusA complex / oxazole or thiazole biosynthetic process / tRNA 4-thiouridine biosynthesis / IscS-IscU complex / sulfur compound transport / selenocysteine catabolic process / sulfurtransferase complex / sulfur carrier activity / detection of UV / selenocysteine lyase activity ...IscS-TusA complex / oxazole or thiazole biosynthetic process / tRNA 4-thiouridine biosynthesis / IscS-IscU complex / sulfur compound transport / selenocysteine catabolic process / sulfurtransferase complex / sulfur carrier activity / detection of UV / selenocysteine lyase activity / tRNA wobble position uridine thiolation / L-cysteine desulfurase complex / cysteine desulfurase / cysteine desulfurase activity / L-cysteine catabolic process / thiamine biosynthetic process / [2Fe-2S] cluster assembly / iron-sulfur cluster assembly / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / pyridoxal phosphate binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cysteine desulfurase IscS / Cysteine desulfurase / Aminotransferase class-V, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-V pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) ...Cysteine desulfurase IscS / Cysteine desulfurase / Aminotransferase class-V, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-V pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Cysteine desulfurase IscS
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Cupp-Vickery, J.R. / Vickery, L.E. / Urbina, H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of IscS, a Cysteine Desulfurase from Escherichia coli
著者: Cupp-Vickery, J.R. / Urbina, H. / Vickery, L.E.
履歴
登録2003年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Cysteine desulfurase
A: Cysteine desulfurase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,7934
ポリマ－90,2992
非ポリマー4942
水11,259625
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5780 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area28210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.709, 101.974, 108.617
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Biological unit is a dimer.

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要素

#1: タンパク質 Cysteine desulfurase / ThiI transpersulfidase / NifS protein homolog


分子量: 45149.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: ISCS OR B2530 OR C3056 OR Z3797 OR ECS3396 OR SF2577
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A6B7, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Sリアーゼ類; -
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 625 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.51 %
結晶化温度: 295.1 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22.1K
結晶化
*PLUS
pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
112 %(w/v)PEG100001reservoir
220 %(w/v)PEG20001reservoir
30.1 MTris-HCl1reservoirpH9.
470 mMsodium citrate1reservoirpH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 46748 / Num. obs: 46748 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.27 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 3435 / Rsym value: 0.245 / % possible all: 93.3
反射
*PLUS
最低解像度: 500 Å / % possible obs: 96.9 % / Num. measured all: 146645 / Rmerge(I) obs: 0.068
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.15 Å / % possible obs: 93.3 % / Rmerge(I) obs: 0.245

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: T.m. Nifs

解像度: 2.1→5 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 4694 10 %random
Rwork0.206 ---
obs0.206 46748 97 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5988 0 30 625 6643
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.11 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 85 -
Rwork0.244 --
obs-772 93.3 %
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.0058
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.39
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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