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- PDB-1p3h: Crystal Structure of the Mycobacterium tuberculosis chaperonin 10... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p3h
タイトルCrystal Structure of the Mycobacterium tuberculosis chaperonin 10 tetradecamer
要素10 kDa chaperonin
キーワードCHAPERONE / BETA BARREL / ACIDIC CLUSTER / FLEXIBLE LOOP / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


cell wall / zymogen binding / : / protein folding chaperone / peptidoglycan-based cell wall / unfolded protein binding / protein-folding chaperone binding / cellular response to heat / response to heat / response to antibiotic ...cell wall / zymogen binding / : / protein folding chaperone / peptidoglycan-based cell wall / unfolded protein binding / protein-folding chaperone binding / cellular response to heat / response to heat / response to antibiotic / regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
10 Kd Chaperonin, Protein Cpn10; Chain O / GroES chaperonin / Chaperonin GroES, conserved site / Chaperonins cpn10 signature. / Chaperonin 10 Kd subunit / GroES chaperonin family / GroES chaperonin superfamily / Chaperonin 10 Kd subunit / GroES-like superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Co-chaperonin GroES / Co-chaperonin GroES
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Roberts, M.M. / Coker, A.R. / Fossati, G. / Mascagni, P. / Coates, A.R.M. / Wood, S.P. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用
ジャーナル: J.BACTERIOL. / 年: 2003
タイトル: Mycobacterium tuberculosis chaperonin 10 heptamers self-associate through their biologically active loops
著者: Roberts, M.M. / Coker, A.R. / Fossati, G. / Mascagni, P. / Coates, A.R.M. / Wood, S.P.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Crystallization, X-ray diffraction and preliminary structure analysis of Mycobacterium tuberculosis chaperonin 10
著者: Roberts, M.M. / Coker, A.R. / Fossati, G. / Mascagni, P. / Coates, A.R.M. / Wood, S.P.
#2: ジャーナル: J.EXP.MED. / 年: 1997
タイトル: Mycobacterium tuberculosis chaperonin 10 stimulates bone resorption: A potential contributory factor in Pott's Disease
著者: Meghji, S. / White, P.A. / Nair, S.P. / Reddi, K. / Heron, K. / Henderson, B. / Zaliani, A. / Fossati, G. / Mascagni, P. / Hunt, J.F. / Roberts, M.M. / Coates, A.R.M.
履歴
登録2003年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2003年7月15日ID: 1JH2
改定 1.02003年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 10 kDa chaperonin
B: 10 kDa chaperonin
C: 10 kDa chaperonin
D: 10 kDa chaperonin
E: 10 kDa chaperonin
F: 10 kDa chaperonin
G: 10 kDa chaperonin
H: 10 kDa chaperonin
I: 10 kDa chaperonin
J: 10 kDa chaperonin
K: 10 kDa chaperonin
L: 10 kDa chaperonin
M: 10 kDa chaperonin
N: 10 kDa chaperonin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,75733
ポリマ－149,59014
非ポリマー2,16719
水1,15364
1
A: 10 kDa chaperonin
B: 10 kDa chaperonin
C: 10 kDa chaperonin
D: 10 kDa chaperonin
E: 10 kDa chaperonin
F: 10 kDa chaperonin
G: 10 kDa chaperonin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,78016
ポリマ－74,7957
非ポリマー9859
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13240 Å2
ΔGint-148 kcal/mol
Surface area38690 Å2
手法PISA
2
H: 10 kDa chaperonin
I: 10 kDa chaperonin
J: 10 kDa chaperonin
K: 10 kDa chaperonin
L: 10 kDa chaperonin
M: 10 kDa chaperonin
N: 10 kDa chaperonin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,97717
ポリマ－74,7957
非ポリマー1,18210
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12650 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area39030 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area45380 Å2
ΔGint-415 kcal/mol
Surface area58230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.460, 87.930, 124.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.78, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質
10 kDa chaperonin / Protein Cpn10 / groES protein / BCG-A heat shock protein / 10 kDa antigen


分子量: 10684.979 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: GROS OR GROES OR MOPB OR CPN10 OR RV3418C OR MT3527 OR MTCY78.11
プラスミド: pUC18 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P09621, UniProt: P9WPE5*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.66 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: MPD, sodium acetate, calcium chloride, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Roberts, M.M., (1999) Acta Crystallogr.,Sect.D, 55, 910.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
120 mM1reservoirCaCl2
20.1 Msodium acetate1reservoir
330 %MPD1reservoirpH5.4
420 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX7.2 / 波長: 1.488 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年4月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GERMANIUM CRYSTAL SET TO BRAGG REFLECTION (111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 38321 / Num. obs: 38321 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 80.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 24.41
反射 シェル解像度: 2.8→2.82 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 1.92 / Num. unique all: 982 / Rsym value: 0.61 / % possible all: 99.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 134674
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.7 % / Rmerge(I) obs: 0.611 / Mean I/σ(I) obs: 1.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
TRUNCATEデータ削減
直接法モデル構築
CNS1精密化
XDSデータ削減
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: THE E.COLI GROES STRUCTURE WITH AMINO ACIDS DIFFERING FROM M.TUBERCULOSIS CHAPERONIN 10 TRUNCATED TO ALANINES

解像度: 2.8→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 10000 / Data cutoff high rms absF: 10000 / Isotropic thermal model: restrained
交差検証法: TEST SET OF REFLECTIONS NOT USED IN REFINEMENT BUT TO MONITOR R-FREE
σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: RMS VALUES FOR NCS RELATED SUBUNITS APPLY TO ALL ATOMS IN EACH SUBUNIT. THE POSITIONAL NCS WEIGHTS INDICATED APPLY RESPECTIVELY TO MAINCHAIN (group 1) AND SIDECHAIN (group 2) ATOMS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 1900 5 %5% OF REFLECTIONS SELECTED IN THIN RESOLUTION SHELLS TO AVOID BIAS FROM NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY
Rwork0.259 ---
all0.26 36893 --
obs0.26 36893 94.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: flat model / Bsol: 51.7 Å2 / ksol: 0.263 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 75.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2 Å20 Å211.2 Å2
2---1.1 Å20 Å2
3---3.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.53 Å0.46 Å
Luzzati d res low-30 Å
Luzzati sigma a0.57 Å0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10481 0 1 208 10690
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.991.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.762
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.642
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.242.5
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.398
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.97
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rms dev Biso : 13.85 Å2 / Rms dev position: 1.33 Å / Weight Biso : 1

Ens-IDDom-IDNCS model detailsWeight position
11restraints applied to residues 6-30, 35-51, 55-81 and 83-99 in all subunits A-N50
2225
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 304 5.2 %
Rwork0.365 5527 -
obs-5527 90.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3mpd.par (r-enantiomer)mpd.top (R-enantiomer)
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.28
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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