+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1p37 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | T4 LYSOZYME CORE REPACKING BACK-REVERTANT L102M/CORE10 | ||||||
要素 | LYSOZYME | ||||||
キーワード | HYDROLASE / HYDROLASE (O-GLYCOSYL) / T4 LYSOZYME / DESIGNED CORE MUTANT / AUTOMATED PROTEIN DESIGN / PROTEIN ENGINEERING / PROTEIN FOLDING / PROTEIN STABILITY / CORE REPACKING / BACK REVERTANT / DEAD-END ELIMINATION THEOREM / SIDE-CHAIN PACKING / OPTIMIZED ROTAMER COMBINATIONS / ORBIT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage T4 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å | ||||||
データ登録者 | Mooers, B.H. / Datta, D. / Baase, W.A. / Zollars, E.S. / Mayo, S.L. / Matthews, B.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003 タイトル: Repacking the Core of T4 lysozyme by automated design 著者: Mooers, B.H. / Datta, D. / Baase, W.A. / Zollars, E.S. / Mayo, S.L. / Matthews, B.W. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1p37.cif.gz | 53.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1p37.ent.gz | 36.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1p37.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/1p37 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/1p37 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 1p2lC 1p2rC 1p36C 1p3nC 1p46C 1p64C 1p6yC 1p7sC 1pqdC 1pqiC 1pqjC 1pqkC 1pqmC 1pqoC 1l63S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18674.346 Da / 分子数: 1 変異: C54T, v87I, C97A, I100V, V103I, M106I, V111A, M120Y, L133F, V149I, T152V 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / プラスミド: PHS140 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RR1 / 参照: UniProt: P00720, lysozyme | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-K / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-HED / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.84 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: 2M sodium/potassium phosphate, 40 mM BME, 550 mM NaCl, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Eriksson, A.E., (1993) J.Mol.Biol., 229, 747. / PH range low: 7.1 / PH range high: 6.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年8月14日 / 詳細: YALE MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.57→18.7 Å / Num. all: 25157 / Num. obs: 25157 / % possible obs: 90.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 18.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 6.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.57→1.65 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.029 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 2918 / Rsym value: 0.029 / % possible all: 75.3 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 75 % |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1L63 解像度: 1.57→18.7 Å / Isotropic thermal model: TNT Library 交差検証法: Used FO-FO maps with native data. Refined against all of the data. σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT
| |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: TNT / Bsol: 141.92 Å2 / ksol: 0.697 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.57→18.7 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rwork: 0.177 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|